农业文化桎梏封锁。作为传统的农业大国，中国几千年来都以农业为基础，长期的农业生产形成了农业文明，也给传统文化套上了枷锁。一方面，统治阶级坚持“重农抑商”政策，极力阻止民营工商业的发展;另一方面，上层封建统治集团自比“天朝”，妄自尊大，盲目排外，固步自封，闭关锁国，限制与国外的政治、经济、文化、科技交流⑦。文化是社会经济发展的耦合器，文化的推进是社会经济发展的深层动力，长期的农业文化使中国形成了难以突破的闭塞框架，固守着传统落后的农业文明，人们思想保守，生产效率难以提高。
纵观世界先发国家的发展史，农业文明几近消失，产业结构也已发生重大调整和升级，农业在国民生产中的比例越来越低，知识文明和现代文化成为社会经济发展的主流，高附加值的服务业已经代替农业。随着工业文明的发展和知识经济的进步，高新技术快速推动人类的发展，农业生产逐渐被工业和服务业代替，乡土文明走向终结，平面的农业社会开始向立体的知识社会升级。
社会经济转型的根本是文化的转型，打破文化桎梏是实现思维方式、行为方式和价值取向转变的内在动力。几千年的传统文明已经潜移默化地渗透中华民族的骨髓，只有巨大的冲击才能颠覆。因此，文化精进是一个艰难又长期的过程，只有通过技术创新不断带动思想创新，不断引进知识经济冲击传统文化，才能逐渐实现农业文化的瓦解。
传统生产力线性发展。长期以来，中国的农业生产产生的效益都远远高于工业生产，这使得中国长期都专注于农业，却大大降低了劳动力价值。由于技术的长期滞后，传统的农耕方式使生产效率一直得不到提高，农业边际生产力持续降低，工业发展也得不到改善。中国的现代化不能仅仅局限于农业现代化，农业现代化是工业现代化的结果而不是原因。英、美、法等国最早进入了现代化国家行列，并不是当时农业最发达的国家，其动力在于工业革命并伴随了一个城市化的过程⑧。过去几百年来，世界经历了两次科学革命和三次技术革命，极大地推动了世界的现代化进程，中国却一直以经验追随的方式发展，迟迟没能跟上科技革命的步伐，并与先发国家拉开上百年的差距。
科技乃立国之本，线性发展导致的技术落后是中国发展滞后的根源。虽然中国的科技起步已经较先发国家晚了几百年，但伴随信息化的现代产业体系正在有条不紊的发展之中。中国已经意识到实现技术非线性突破的重要意义，并将在新一轮产业革命到来之际高瞻远瞩、抢抓机遇，不断发展战略性新兴产业，以战略性的高度着力解决世界领先的科技问题，在培养高水平科技人才的同时构建高新技术创新平台，与世界领先的尖端技术对接，实现知识共享和技术扩散，通过源源不断地挖掘技术需求以提供技术支持。
制度、体制存在缺陷。有关“李约瑟之谜”的一个重要原因就是中国的制度体制存在缺陷，既包括前两次产业革命爆发时中国的政治制度，也包括当时的经济制度。当先发国家轰轰烈烈地进行第一次产业革命的时候，腐朽的清王朝还沉浸在闭关自守的世界之中，中央集权的政治官僚体制和重农抑商的传统思维制约了社会经济的发展。纵然官僚体制对中国的农业发展起到过积极的促进作用，却阻碍了现代化工业的兴起和发展，不能保证现代社会经济的进步。
此外，当时的中国并没有形成真正的市场，即市场运行过程中需要的法律法规、相关制度条例、产权、专利、金融等配套制度在中国都没有形成。由于缺乏相关制度的支持，中国长期处于小农经济状态。特别是起着特殊作用的知识产权制度在中国的缺陷尤为明显。专利是一种不确定的产权，能够将竞争者排除在创新的商业化之外，以外部技术来带动和促进企业的成长是中国重要的技术进步战略⑨。
只有市场机制才是最有效的配置资源的经济体制，是在社会化大生产背景下诞生的开放性经济模式。只有完善市场机制并不断进行制度创新，形成良好的制度环境，发挥市场调节的巨大作用，以及运用政府的辅助调节作用，有效激发人们的积极性和创造性，才能实现社会经济的可持续发展。
社会结构条块分割。长期以来，中国的社会结构都处在一种条块分割状态，即社会中的群体以政治、经济、文化等不同因素分割成不同的单元，自上而下分级管理，各单元之间信息闭塞、相互分割、缺乏沟通交流，社会格局单一。这种社会结构使农民依附于土地，使城镇居民依附于工厂，通过分层行政管理，可使资源按计划调配，在计划经济体制下发挥着不可替代的作用，其突出缺陷是行政参与过多，资源利用效率低下。
随着我国从计划经济向市场经济转变，条块分割的社会结构愈发成为经济和社会发展的突出障碍。由于社会结构长久以来的条块分割，导致城乡二元化严重，大量农民无法享受到社会发展带来的同等福利，贫富差距不合理;过多层级的行政管理使得政府自身效率低下，同时大大干预企业的自主经营;区域分割严重也使社保异地统筹困难，严重阻碍企业和个人的自由流动。
