农产品区域品牌是一种集体品牌，是为所属区域内的政府、企业、农户等所共有的。根据2005年7月15日国家质量监督检验检疫总局发布的《地理标志产品保护规定》，地理标志产品保护申请，由当地县级以上人民政府指定的地理标志产品保护申请机构或人民政府认定的协会或企业提出，并征求相关部门意见。这意味着政府已不具有主体资格，区域农产品品牌的主体是行业协会或企业。
行业协会与企业管理农产品区域品牌的主体资格比较
企业管理农产品区域品牌更有效率。行业协会或者企业成为农产品区域品牌的主体，二者的管理效率是存在差异的。品牌专家娄向鹏总结了新西兰奇异果成功的经验，他认为农产品区域品牌管理的关键点之一就是，品牌的主体应当是公司，而不是政府和行业组织，并且是一个公司，而不是多个公司。因为品牌的所有者要承担两个基本责任，即促销和稳定产品质量。由于农产品区域品牌是一种集体共有品牌，所以其中某些权益主体（免费搭车者）自然会拒绝承担两个基本责任，从而导致农产品区域品牌管理的“公地悲剧”。
反之，如果品牌归属于一个公司，则成为该公司的无形资产，并在品牌的使用上产生排他性。企业为了自身的利益，会自觉承担以上两个基本责任，在生产管理、员工素质等多方面满足品牌运营的要求。因此，无论从管理的自觉性和专业性来讲，还是从品牌自身的需求来讲，公司在这方面的意志远比行业协会这种相对较松散的组织更统一和坚定，因而对品牌的管理也会更有效率。
行业协会管理农产品区域品牌更公平。农产品区域品牌是为所属区域内的政府、企业、农户等所共有的集体品牌，如果没有统一的管理，势必造成“公地悲剧”。但若将其置于某一公司名下来管理，由于品牌管理的各环节需要大量的投入，公司是盈利性组织，是很难做到把管理的成果让给外部成员去共享的。而若将农产品区域品牌归为公司的私产，让该公司独享品牌收益又势必带来不公平。行业协会是介于政府与企业之间的社会中介组织，由经营者自发组织在一起，通过设定行业成员共同遵循的公共政策和一致行动的准则，从而形成一种主导力量，影响和规范这个行业，并维护整个行业的利益。因此，行业协会成为承担农产品区域品牌的管理职责的主体具有公平性。事实证明，行业协会管理农产品区域品牌不仅合乎情理，也能够有所作为。
比如在2001年之前，由于过度发展围网养殖，阳澄湖的生态环境急剧恶化，加之市场上假冒“阳澄湖”螃蟹层出不穷，阳澄湖大闸蟹的品牌声誉几乎丧失殆尽。苏州阳澄湖大闸蟹协会成立后，坚持以“引导、协调、服务、监督”为准则，围绕宣传推广、行业自律、服务会员、促进发展这一总目标，积极开展工作，大力推动拆网退湖，恢复生态环境，同时对当地的资源进行整合统一营销，在品牌管理上成效显著。自2002年起，阳澄湖大闸蟹的价格便以每年超过10%的速度持续上涨。虽然，目前阳澄湖大闸蟹品牌面临一些纷争乱局，其管理体制被人诟病，但不能否认的是，阳澄湖大闸蟹能有现在的品牌效应，苏州阳澄湖大闸蟹协会功不可没。
行业协会是农产品区域品牌管理的主力军
品牌的建设、推广和维护都需要投入。公司是盈利性组织，如果不能从品牌的经营中获取超过其投入的回报，它是不愿成为品牌的管理责任主体的。自《地理标志产品保护规定》公布施行以来，行业协会而非是公司成为区域农产品品牌的主要管理主体是有原因的。农产品区域品牌包括两种类型，一种是来自本地区的种植、养殖产品，如阳澄湖大闸蟹等；一种是原材料全部或部分来自本地区，并在本地区按照特定工艺生产和加工的产品，如贵州赖茅酒等。
第一种类型的品牌农产品，由于无需进行深加工，初级农产品一经生产出来后本身即是品牌农产品。对于公司来说，不愿意承担这类农产品的品牌管理责任，原因有三点：其一，公司与品牌农产品的生产者（农户）都有着各自的经济利益，需要企业花大力去协调，即便如此双方仍然可能产生冲突。其二，农户是直接的生产者，公司难以完全控制品牌农产品的生产过程。在初级农产品的生产过程中，影响它质量的光照、水分，甚至病虫害等环境条件都是变化的，农户一般分布范围较广，其生产水平参差不齐，企业难以对其生产活动进行及时有效的管理，因此极容易造成农产品质量不稳定，影响品牌声誉。其三，公司也很难完全控制市场。面对众多的农户，公司很难控制农户暗中直接向市场销售部分品牌农产品，即便是有收购合同也是难以完全约束的。公司控制不了市场，也会给假冒伪劣产品以可乘之机。
基于上述原因，公司不愿意承担这类农产品的品牌管理责任，那么，各生产经营者出于维护自身利益，就只能在政府倡导下，通过自发设立的行业协会去承担起品牌的管理责任了。
第二种类型的品牌农产品，是由初级农产品经过企业的特定工艺生产加工之后才形成的，但由于生产此类品牌农产品的企业颇多，品牌并非归属于某一特定企业，而是为区域内生产该产品的众多企业所共享。对于这类区域品牌，各生产企业都有申请成为其主体的渴望，但如果其中某一企业想要独占该品牌，除非该企业相对区域内其他企业有显著的代表性和压倒性的领先优势，否则来自于区域内其他企业的反对呼声会很大，得到政府的许可就会非常困难。
像贵州茅台酒那样，因为拥有显著的代表性和压倒性的领先优势而独占品牌的情形并不多见，多数的情况是由于使用区域品牌的生产企业数量较多，且彼此间大体势均力敌，政府很难做到把农产品区域品牌单独授予给其中某一家企业。于是为公平起见，大家只能共享该区域品牌，并在政府指导下通过自发设立的行业协会来开展品牌的管理。在这种情况下，各企业为了将自己的产品同竞争对手的产品区分开来，只有在使用区域品牌的基础上，再另行加上自己注册的商标。比如，在成都市郫县豆瓣行业协会名下获准使用“郫县豆瓣”的96家生产会员企业，共计注册了143个商标，这样区域品牌名实际上就变成了商品品类名。
由于农产品区域品牌一般采用“产地名+产品名”的方式命名，造成品牌资源共享，而品牌本身是具有排他属性的。因此娄向鹏认为，“将品牌产地化，并且不归属一家企业，靠政府和协会运作，是农产品区域品牌胎里带的毛病”，他力主企业应该“占据品类，做自己的品牌”。但我们知道，当人们要购买豆瓣的时候，大多首先会想到的就是“郫县豆瓣”品牌，且不论在购买过程中有多少消费者在看到“郫县豆瓣”的品名后，是否会再去注意产品上面的商标，即便注意了产品上面的商标，但面对上述96家企业的146个商标，如何去区分孰优孰劣，这是会让大多数不明究竟的消费者感到迷惑的问题。“占据品类，做自己的品牌”实际是要企业去打造一个全新的品牌，这虽然是彻底解决“公地悲剧”的有效措施，但其难度与代价会很大，过程会比较长，效率未必高。因此，还是应该充分有效地利用好既有的区域品牌。
