创新券的政策难点
外资问题。创新券政策对外资能否开放？答案是肯定的。对于外资性质的服务提供方，应该完全开放，鼓励外资机构和外国机构为中国中小企业服务。对需要创新服务的外资中小企业，国际上通行做法是有条件开放，如新加坡规定，外资中小企业必须在新加坡注册并实体存在，本地股权占30%以上。
建议对需要创新服务的外资中小企业开放，但在其注册地、股权构成、创新发生地、解决本地就业程度、税收贡献水平等方面作出相应规定。
预付问题。创新券的项目规模较小，一般不存在预付问题。但也有一些较大的创新券项目，对这样的项目，当企业、知识机构缺少启动资金时，创新券资金可否预付呢？新加坡允许预付，但预付金额不超过创新券全部的20%。
我国较大的创新券项目可以参考新加坡做法，允许部分预付。
资源共享问题。当前创新券政策尚处于摸索阶段，存在创新券资金用于购买设备的情况，但这并不是发展方向。创新券资金应该用于购买创新服务，而不是购买研发设备。但较大一些的创新券项目，如果有研发内容，所需要的仪器、设备、设施如何解决呢？方向是资源共享。
建议中央政府管理机构出台相应政策，规定凡承担创新券项目的创新服务单位，其科研仪器、设备、设施都应免费或优惠向该项目开放。
人员激励问题。创新券资金额度较小，能否调动知识机构和科研人员的积极性？回答是肯定的，但必须采取相应措施。
第一，中央政府管理机构出台相应规定，知识机构和科研人员每年必须有一定项目是为中小企业服务的，达不到标准，不得申报国家项目。这一点，是由创新券的政策基础决定的。
第二，改革创新劳动薪酬制度。将创新券金额的60%～80%作为创新劳动报酬，支付给科研创新服务人员。
第三，引导创新服务机构从券外深度开发和接续开发中获益。
创新诚信问题。创新券政策的需求导向，解决了科技与经济脱节的问题，但这会产生另一个问题：企业与创新服务人员会不会内外勾结，制造虚假创新，骗取创新券资金呢？的确存在这个风险，但这个风险是可以消除的。
第一，项目公示，依靠广大群众全方位、全过程实时监督。
第二，信用评级，对优质服务的买方和卖方调高信用等级，优先支持。
第三，财政、质检、审计、监察部门进入管委会，对创新券项目全程督察。对骗取创新券的企业和知识机构，注销其创新券，追回骗取资金，在若干年内不再给予各级科技项目和政府各类奖补资金支持；严重者追究其法律责任。
与预算制度的兼容问题。创新券的投入方式，与现行预算制度存在不兼容之处，如由于创新券资金预算不能按时完成，容易造成资金占用成本过高或突击花钱等问题。建议改革相应制度，允许创新券余额向下年结转，或采取基金制。
