在探索上海自贸区体制机制改革之中，有三个因素有着至关重要的影响：第一，上海经济社会发展中的体制机制改革。上海经济社会发展中的体制机制改革状况必然制约着自贸区体制机制在制度层面上的形成。第二，中国经济社会发展中的体制机制改革。自贸区的许多制度不可能完全游离于国内体制机制，国内的体制机制状况将制约着上海自贸区的各项制度。第三，国际规则的变化。自2008年美国金融危机爆发后，全球经济金融格局发生了重大变化，美国对现有的国际经济关系并不满意，由此，提出了“跨太平洋战略经济伙伴关系协定”(T PP)、“跨大西洋贸易和投资伙伴关系协定”(T T IP)和“服务贸易协定”(T ISA )等新规则。这些贸易协定还在形成过程中，一些具体条款尚未成型，由此，将影响到上海自贸区的体制机制改革在制度上准确定位。在这些因素的制约下，上海自贸区体制机制的选择和定位就不再简单是28 .78平方公里之内的事，它将不同于国际上任何一个自贸区，带有明显的中国特色。
链接自贸区的金融发展
从各国和地区的自贸区来看，为了便于自由贸易和自由投资，可以说，在自贸区内金融服务业全面开放。
国务院批准的总体方案中指出了上海自贸区在金融方面展开制度创新的几个相互关联的关键性要点：第一，加快探索资本项目可兑换。对中国而言，经过30多年的改革开放，资本项目中的大多数项目已经开放，尚未开放的项目主要集中在“金融项目”方面，具体内容包括金融产品的发行和交易。第二，金融服务业全面开放。这实际上意味着在金融机构设置、金融产品发行和交易、金融市场运作等方面不再实行中国境内长期存在的审批制，由此，在客观上要求已习惯于以审批制为基础的金融监管理念的全面转变。第三，推进政府管理由注重事先审批转为注重事中、事后监管。第四，逐步允许境外企业参与商品期货交易。这实际上意味着，逐步探索自贸区内的境外企业介入到中国境内的商品期货交易。由此，自贸区内外的链接就成为一个需要认真研究探讨之事。第五，建立试验区金融改革创新与上海国际金融中心建设的联动机制。上海自贸区并非一个完全封闭的试验区。对中国而言，建立这一自贸区的真实含义，不在于增加多少的贸易量和引进多少外资，更重要的功能在于，全面推进“以开放促改革”的进程，强化中国经济运行中的体制机制创新。要做到这一点，首先自贸区内所形成的体制机制创新应在上海经济金融运行中逐步展开，由此，联动机制的设立必不可少。
上海自贸区的运作和发展面临着一对矛盾：一方面自贸区的地理范围已经界定，几乎不可能将它延伸到整个上海(更不可能将自贸区扩大到中国全境)，由此，自贸区内实行的各项自由化制度带有明显的“境内关外”特征；另一方面，自贸区内实行的这些自由化制度又必须“形成可复制、可推广的经验”，以发挥示范带动效应和服务于全国的效应。要破解这一矛盾，既需要在制度创新中细化相关条款和流程，又需要充分利用现代信息技术和互联网技术，以达到地理空间不突破但各种交易却能够有效拓展到上海范围的效应。
