与此同时，也要看到引导我国“小而全”、“小而散”的农户家庭经营实现转型提升的必要性和紧迫性。第一，由于农户家庭经营的高度异质性，不同类型的农户家庭经营相对于公司农业经营的比较优势也是不同的。发达国家的农户家庭农场具有运行企业化、经营市场化等特征，它与发展现代农业的相容性，往往不是我国“小而全、小而散”的农户家庭经营所能企及的。在我国农业经营主体的选择上，既要看到农户家庭经营作为农业经营主体形式的合理性，又要看到其对于发展现代农业的局限性。
第二，总体而言，家庭经营相对于公司农业经营的比较优势主要表现在农业生产环节。而随着农业发展内外部条件的变化，以及农业产业链运行中消费者主权的强化和对食品安全重视程度的提高，公司农业经营的比较优势、农户家庭经营的比较劣势在某些方面迅速凸显，这种状况对于“小而全”、“小而散”的农户家庭经营更是如此。
第三，即便是在农业生产环节，农户家庭经营也并非在所有领域都呈现比较优势。比如从国际经验来看，在有机农业、设施农业和受天气影响较小的集约型养殖业中，公司农业经营相对于家庭经营的比较优势正在日趋凸显。
传统农业经营体系的问题和局限性。新型农业经营体系是相对于传统农业经营体系而言的。构建新型农业经营体系的必要性和紧迫性，在很大程度上源自于传统农业经营体系的问题及其对发展现代农业的局限性。我国传统农业经营体系的运行，以“小而全”、“小而散”的农户家庭经营为主体，在农业发展上存在着“重生产、轻服务”、“重政策优惠、轻制度建设”等倾向。随着工业化、信息化、城镇化、市场化和国际化的深入推进，以及经济全球化的深入发展，这种传统农业经营体系的问题和局限性日趋突出，对于发展现代农业、转变农业发展方式的制约迅速显现，主要表现在：
第一，妨碍农业竞争能力的提升，增加了推进农业发展方式转变的难度。在传统农业经营体系中，“小而全”、“小而散”的农户家庭经营之间存在着较强的同质性，缺乏分工协作，加剧了我国农产品成本高、农业经营效益低和农业竞争力弱的问题，与发展现代农业的要求相距较远。随着农村青壮年劳动力大量进城，以“小而全”、“小而散”为主要特征的农户家庭经营，还容易加剧农户兼业化、农业经营副业化和农业劳动力老弱化的问题，导致以农为辅的兼业经营成为农业经营的主体形态。由此会推动农业经营粗放化、农业技术选择简约化，甚至会导致农业商品化出现退化，加剧农地撂荒和农机等设施设备的闲置，制约农业土地产出率、资源利用率和劳动生产率的提高，也容易导致农户的农业经营日益偏离农业发展的效率目标，弱化农户推进农业集约化和专业化的动力。
第二，难以实现资源利用、科技应用、市场拓展和抵御风险等方面的规模经济与范围经济，妨碍农业创新能力、抗风险能力和可持续发展能力的提升。在传统农业经营体系下，对大量家庭经营的农户而言，许多影响深远的资源利用、科技应用、市场拓展和抵御风险活动，包括建设资源节约型、环境友好型农业，往往具有较强的外部性，农户缺乏参与的动力甚至能力。农户之间“搭便车”行为的存在，也往往会导致参与这项活动时面临较高的“动员”成本和“协调”困难。比如，在农作物制种、动植物疫病防治时，少数农户的不参与甚至会导致多数农户的参与“无功而返”。许多地方在推广动植物疫病防治、实行农产品原产地保护和农产品质量安全追溯制度，以及推进农产品优质化、标准化和品牌化经营时，往往面临较大困难，与此也有很大关系。因此，在传统农业经营体系下，农业创新能力、抗风险能力和可持续发展能力难以提高，甚至农业经营粗放化和欠组织化，以及农业专业化分工、社会化协作发展缓慢，在一定程度上是农户行为的“理性选择”。
第三，加大农业产业链协调整合的困难，将农户推向农业产业链利益分配的边缘。如前所述，农户家庭经营的主要优势领域在于农产品生产环节。但是，如果将研究的视野从农业生产环节“切换”到整个农业产业链，特别是农业的产前、产后环节，如农资采购与供应、农产品物流与营销、农产品加工和储藏保鲜、农产品安全和品牌建设、农业金融保险或农产品期货市场等领域，农户家庭经营的比较劣势就会迅速凸显。与此相对应，传统农业经营体系的优势领域也在传统的农业生产环节。相对于传统农业，现代农业竞争已由产品之间的竞争，转化为产业链之间的竞争。随着现代农业的发展，传统农业经营体系在农业产业链竞争中的比较劣势日趋突出，对于农业产业链、价值链转型升级和农业增效、农民增收的制约迅速凸显。况且，随着全球范围内产业融合的深化，农业产业链的服务环节日益成为农业产业链或价值链的主导者，成为农业产业链资源整合、优势集成的策划者和组织者；农业产业链的利润重心也逐步呈现向农业服务环节转移的趋势。这会进一步加剧传统农业经营体系的问题与局限。
一般而言，“小而全”、“小而散”的农户家庭经营难以实现有效组织，难以联合起来与组织化程度较高、在农业产业链中居于垄断地位的工商资本（包括服务业企业）抗衡。因此，随着现代农业的发展，传统农业经营体系的运行，不仅会加大农业产业链协调整合的难度，增加农户家庭经营与现代农业产业链对接的困难，还会推动农业产业链运行中工商企业垄断格局的形成和“企业控制产业”现象的发生，容易将“小而全”、“小而散”的农户家庭经营推向农业产业链利益分配的边缘，制约农民增收，甚至导致农户在农产品市场竞争和价格决定中日益陷入“被动接受”的地位。近年来，面对农产品价格的剧烈波动，许多地方农民“承担风险多、获得利润少”，与此不无关系。
