最后，自贸区建设还是反腐倡廉的试验田。自贸区涉及人民币跨境使用、人民币资本项目可兑换、利率市场化、外汇管理等等改革试点，在反腐败的层面，这些创新试点可能蕴涵着诸多腐败发生的新的“灰色地带”，这就需要现行的反腐败体制进行新的适应性调整，把“制度加科技”的内涵进一步丰富、外延进一步拓展，为新型腐败的有效应对探索一条新路。
须破解三个难题
要使自贸区建设对简政放权的试验田效应得到充分发挥，当前必须破解三个难题：其一，上海作为一个整体的城市治理与自贸区作为局部的区域治理如何有效协调，换言之，自贸区建设经验对政府在城市治理中的简政放权如何形成有效衔接，如协调不好则有可能极大地弱化自贸区经验的正向溢出效应；其二，简政放权的必然结果是承接政府权力转移的社会组织的迅速成长，这一过程中，社会组织的功能和影响逐步扩大，可能与政府形成新的利益博弈，这就使得政府既不能继续把社会组织作为政府手臂的延续，又必须对社会组织的利益冲动施加必要的规制，形成有机的城市治理协同格局；三是自贸区是以管委会的形式行使政府委托的管理权，但管委会不是经人大选举产生的一级政府，它具有政府的属性但不是政府本身，这就在许多职能的行使上存在体制性障碍，需要与政府部门协调关系，从而可能产生一些新的矛盾、遇到新的体制性障碍。进一步说，建立自贸区是国家行为，上海是具体的职责承担者，这就涉及中央政府部门与地方政府的职能协调，相互之间能否顺畅沟通直接关系到自贸区建设的发展步伐。
自贸区建设是国家战略，同时又是上海的重大发展机遇，自贸区建设中取得的制度创新经验不能仅限于内部消化，正如世博会的召开为上海的城市建设发挥了巨大的推动作用一样，当前的自贸区建设应与上海的“四个中心”建设形成有机联动，使简政放权在自贸区率先取得突破，在上海的城市发展中得到普及、在全国范围起到示范作用，这是自贸区作为简政放权“试验田”的应有之义。
