基层治理状况是国家治理能力的集中体现。或者说，国家治理体系和治理能力的有效程度，要通过基层治理的绩效反映出来。
显然，当下的基层治理存在突出问题。这些问题主要表现在两个层面，一个是社会层面，一个是政府层面。从社会层面看，乡村社会冲突加剧，乡村民众针对基层政府的抗争活动增加，包括冲突的种类增加、介入冲突的社会群体增加、冲突的总体规模也在扩展；从政府层面看，不同层级政府之间的关系趋于紧张，上下级政府之间、同级政府部门之间，彼此间信任下降，互动中的不合作增加。这种政府体系内部的信任下降和摩擦增加，不仅表现在行政机构之间，也表现在党组织和行政组织之间，还表现在政府组织与社会组织之间。社会层面的冲突与政府体制自身的冲突有着内在联系，政府体制的自身冲突直接孕育催生了大量社会冲突。
现在基层乡村陷入了“强发展”与“弱治理”的困局
如果把“发展”与“治理”作为观察中国乡村的两个视角，可以说，现在基层乡村陷入了“强发展”与“弱治理”的困局。进入新世纪十多年来，中国农村的发展形势良好。农民收入快速增长，公共物品供给快速增加，农民生活显著改善。但是，从治理的角度看，快速的发展并没有带来良好的治理，或者说，治理的质量并没有获得与经济社会发展相适应的提升，相反，诸多方面治理的质量还在下降。这种“强发展和弱治理”的现象，不仅成为人们理解中国发展的困惑，而且也在加剧社会的紧张和不安，并引发人们对于未来中国走向的疑虑。
如果历史地考察，可以发现，这种发展与治理的不平衡并非始于近十年。
1980年代中后期，农村中的冲突现象开始显现，政策语言的表述是“干群关系紧张”“群体性事件增加”，大量冲突围绕农民税费负担而展开。当时，中央政府规定了农民税费负担的标准，并加强了对地方政府行为的监管。与此同时，各级政府强调：解决农民负担过重，根本上是加快经济发展问题，提高农民收入。“发展是硬道理”被提到更高程度。在整个1990年代，农村经济保持了较快发展，但是，农民税费负担引起的社会冲突迅速增加，如地方政府强制农民集资修路、建学校、发干部工资等生出各种抵抗，冲突规模不断扩大，冲突程度不断激化。可见，经济发展和收入增加并没有解决农民负担问题引发的乡村冲突，治理危机仍在加深。
从2000年开始，中央政府决定开展税费改革，并在2003年决定全面取消农业税。同时，决策层认识到：农村冲突增加的基本原因，是政府过度注重经济发展，而忽略了公共服务和公共物品的投入。由此，农村政策的基调确定为“少取，多予，放活”。政府开始重视农村公共服务改善，在基础设施、教育、医疗、养老、农业生产补贴等方面投入大量资金。这些惠农政策受到了农民的高度评价和积极拥护。但是，在公共服务和农民生活显著提升的条件下，农民与政府的关系并没有根本改善，冲突和抵抗仍然广泛发生。近几年，对于基层政府来说，“维稳”任务日益沉重，成为政府工作中最头疼的事情。由此看来，不论是快速的经济增长，还是重大的公共物品投入，都未能从根本上改善乡村治理。
政府本身的体制性冲突造成了乡村治理不善
探索中国社会冲突加剧的发生发展过程，还应该着眼于政府体制本身。
考察发现，当前的政府治理体制存在着内在的逻辑冲突。为改善治理而推进的体制性措施，演化为两种方向相反的体制性力量，在政府系统内部同时并存、相互纠缠、持续冲突，消解政府治理效果，导致社会冲突加剧。这种体制性冲突，既扭曲了中央与地方不同层级政府间的关系，也扭曲了同一层级政府内部不同部门之间的互动，还在整体上损害了政府体制本身的合法性，成为地方治理危机的关键性成因。
政府运行的体制性冲突主要体现在如下方面：
预算管理的体制性冲突。最近几年间，中央政府已意识到1990年代中期以来不断集权带来的问题，开始探索扩大基层政府权力的改革，其中最重要的是“扩权强县”，核心内容是预算财政关系的调整，实行“财政体制的省直管县”，减少市级政府在财政预算方面对于县级政府的控制，同时，将一些市级行政管理权也下放到县级政府。但是，在具体预算安排和财政管理上，上级政府却对基层政府提出越来越具体严格的要求。上级政府（包括中央、省、市）经常直接提出基层财政收入的多少比例必须用于某种开支，直接规定一些基层政府部门使用何种办公设备。不仅如此，中央有关部门还直接规定村级官员的工资水平。作出规定之后，上级政府还会安排检查督促，并利用上级政府对基层的人事控制权来保证这种预算控制的落实。由此，基层政府的预算权被严重侵蚀，这造成基层政府工作的大量矛盾冲突，导致基层领导干部对上级政府的抱怨。
官员管理的体制性冲突。加强垂直管理是近十年来再度中央集权化的重要特点，但这种举措受到了基层政府的抵制，本身也造成了很多问题。如今，机构编制的垂直化管理趋势已经式微，但是，对于官员本身的垂直管理仍在加强。甚至有些部门虽整体上不属于垂直管理，但其主要负责官员也被收归上级直接任命（如国土资源部门）。基层政府的部门设置和人员规模，历来是上级政府直接控制，最近几年的控制趋于更加严格，以至中央和省级政府直接控制了乡镇政府的编制规模。这使得基层政府无法根据本地情况来确定政府部门的设置。从基层领导干部的任命看，上级政府也加强了控制。县级主要领导的任免过去是由市级党委直接决定，现已收归到省级党委；乡镇主要领导的任免过去由县级党委直接决定，现在需要市级党委批准。由上级党委直接从上级机构安排到下级政府担任领导的情况有增无减。这种“官员空降”不仅因挤占了基层官员的升迁机会而受到基层抵制，而且由于“空降官员”不熟悉基层事务，处理复杂问题不得力，往往导致一些小问题成为大事变。在官员的选拔机制方面，公开性和参与性都有明显提升，选举范围有所扩大，选举的程序有所严格。但是，与此同时，上级对于选举结果的控制也在强化。即上级政府对于基层政府的官员选拔，一方面强调要扩大民主选举，另一方面也采取措施要求选举结果保证“组织意图的落实”。这种自相矛盾的体制运行，严重损害了体制的效率和权威。
政府问责的体制性冲突。自上而下的考核检查不断强化，加剧了体制的内在紧张。近十年政府问责体系演变的基本特点可归纳为：一方面，民众对于政府的问责参与能力和要求在提升，基层政府被上级政府要求更好地对民众负责；另一方面，上级政府对基层政府的考核规制不断增加和全面强化。二十世纪八九十年代，来自上级政府的问责考核，主要发生在计划生育、财政收入和经济发展等领域。进入新世纪以来，以往的考核依然强劲，新的考核项目更加突出，如土地利用的考核、专项财政资金的考核、社会治安的考核，其中最重要的是信访和“维稳”的考核。这些考核和规制行为本身正在衍生出新的问题。就如信访考核，上级政府的考核方法，主要是以上访人数和上访方式作为考核或处罚基层政府官员的标准，而不论基层政府是否有处理问题的具体责任和权力。这种“维稳”考核体系不仅严重地破坏了基层政府对于上级政府的信任，而且也造成一些人利用这种不合理考核体制而给政府制造更多麻烦。
基层政府与基层自治的体制性冲突。自1980年代末以来，中央政府开始推进村民自治。现在，村民自治的具体制度规范，特别是村民的政治参与能力，都有了巨大提升。但是，进入新世纪以来，面临村民自治组织与基层党组织的权力纷争、村级组织与基层政府的权力纷争，上级政府出台了一些新的制度规范，更加强调强化党组织对村民组织的控制，强化基层政府对于村级组织的直接控制。基层政府越来越把村级组织作为政府官僚体系的一个部分来管理。在村民政治自主性不断增强的情况下，村庄和村民对于基层政府直接控制的抵抗也在不断激化。于是，在政府控制加强的表象下，政府对于村庄组织的实际控制明显弱化，基层政府与村庄社会日益脱节。
如果深入观察基层政府内部的运行过程，可以发现，虽然整个政府系统在政治语言上具有高度一致性，但是，实际的政府运行充满了矛盾。而且，这些矛盾显然比前些年更多了。在许多情况下，基层领导干部不仅不太认同上级政府的政策措施，也不太认同上级领导的能力品行；基层党委部门和行政部门的权力纷争在增加，行政系统自身不同部门之间的矛盾也在增多。所有这些冲突，都严重损害了政府权威和治理的效率，直接造成乡村治理的低质。
