孙中山以革命生死观鼓励革命军人的勇气，我死则中华民国生；扬不怕牺牲的精神，实现人之不死的价值。“精神者，革命成功之证劵及担保也。”他强调精神的作用与功能，精神是革命成功的决定因素，物质武器是次要因素。但无一定的物质基础，光有革命精神也不能成功。物质与精神必相辅为用。
孙中山在西方文化的熏陶中接受了其自然科学思想，如生物进化论、细胞学说及星云说等，结合中国传统公羊“三世说”，将宇宙的进化分为三个时期：物质进化期、物种进化期、人类进化期。关于物质进化时期，他说：“元元之时，太极（此用以译西名“以太”也）动而生电子，电子凝而成元素，元素合而成物质，物质聚而成地球，此世界进化之第一时期也。今太空诸天体多尚在此期进化之中，而物质之进化，以成地球为目的。”他用《周易·系辞传》中的“易有太极”这一中国传统哲学概念来释义西方自然科学中的“以太”。在谭嗣同哲学理论思维逻辑结构中，“以太”是作为“寂然不动”、“一而不二”的“仁”的“所以通之具”，即托言以太的沟通一切的、最精微的、中介性的特性，把自然界与人类社会统摄起来。孙中山与谭嗣同的区别在于，以太不是作为所以通的工具，而是作为所以然的太极本身，赋太极以形而上性。由太极（以太）的运动而生电子，电子凝聚而成元素，元素聚合而成物质，物质汇聚而成地球，这便是物质进化的过程，并认为当今太空中的众多天体还在此进化之中。
孙中山认为，自达尔文的《物种起源》一书出版以后，使进化之学大放光明，他亦依归于进化，并以太极（以太）为其哲学理论基础，由物质进化而进入物种进化时期。他说：“由生元之始生而至于成人，则为第二期之进化。物种由微而显，由简而繁，本物竞天择之原则，经几许优胜劣败，生存淘汰，新陈代谢，千百万年，而人类乃成。”所谓“生元”，即元始的生命，孙中山解释为细胞。他说：“据最近科学家所考得者，则造成人类及动植物者，乃生物之元子为之也。生物之元子，学者多译之为细胞，而作者今特创名之曰生元。”即取生物元始之意。由生元而进化到人，按照物竞天择的进化原则，经漫长的优胜劣汰、新陈代谢过程，物种由微到显、由简到繁的演变过程，最终而成人类。
对于人类进化，孙中山认为，人类初出之时，与禽兽没有什么区别，“再经几许万年之进化，而始长成人性，而人类之进化，于是乎起源。此期之进化原则，则与物种之进化原则不同，物种以竞争为原则，人类则以互助为原则。社会国家者，互助之体也；道德仁义者，互助之用也。人类顺此原则则昌，不顺此原则则亡。此原则行之于人类当已数十万年矣。然而人类今日犹未能尽守此原则者，则以人类本从物种而来，其入于第三期之进化，为时尚浅”。人类进化与物种进化最大的区别，就在于一以互助为原则，一以竞争为原则。以互助为原则的人类社会，社会国家是互助的根本本体，道德仁义是互助的作用、表现。国家顺互助原则就昌盛，逆此原则就灭亡。
由物种而进人类，转竞争为互助，才能建构文明和合社会。人类进化之目的，孙中山认为：“即孔子所谓大道之行也，天下为公。耶苏所谓尔旨得成，在地若天。此人类所希望，化现在之痛苦世界而为极乐之天堂者是也。”他把孔子和耶稣融突一起，说明人类普遍希望价值理想世界是一个化痛苦为极乐、转尘世为天堂的世界。
从物质进化——物种进化——人类进化的演变，进化的原则也随之而变化。人类进化之所以以互助为原则，而非以物种进化的竞争为原则，是因为人是有人性、有智慧、有道德的人，而非禽兽。然而一些学者未能与时偕行，仍以物种进化的物竞天择为原则来观察社会，“而学者多以仁义道德，皆属虚无，而争竞生存，乃为实际，几欲以物种之原则而施之于人类之进化，而不知此为人类已过之阶段，而人类今日之进化，已超出物种原则之上矣”。人的思想观念，换言之“精神”，往往落后于进化，由此可以得知“行之非艰”而“知之惟艰”。精神的智慧既度越物质，而又支配物质。虽然精神与物质可相辅为用，但精神并非专恃物质，而可独立存在，这就凸显了精神在孙中山哲学理论思维逻辑中的主导地位。之所以强调、突出精神的作用和价值，是其军事实力、群众基础与其革命目标之间的冲突所致。孙中山并没有多少军事实力，又无广大群众基础，而只得求助于革命精神，发扬主体战斗精神，以实现其革命目标。
