心为万事之本源
孙中山用“生元”这一创新的概念，来陈述细胞为生命起始的价值。不过他对细胞的体认，已度越了能变异、能分裂的生物限度，而赋予有知觉灵明的精神性存在。他说：“生元者，何物也？曰：其为物也，精矣、微矣、神矣、妙矣，不可思议者矣。按今日科学所能窥者，则生元之为物也，乃有知觉灵明者也，乃有动作思为者也，乃有主意计划者也，人身结构之精妙神奇者，生元为之也。人性之聪明知觉者，生元发之也。”“生元”是精微奥秘、神妙莫测的存在；是人的思维不可到达的、“不可思议”的境域；是有知觉灵明、动作思为、主意计划的有意志的精神性存在；是人性聪明知觉之发的存在。这是孙中山对生元内涵、性质的规定。
“生元”作为有意志的精神性的存在，它不仅是生命的起始，而且具有先验性。孙中山将其与孟子的良知良能相比拟。他说：“孟子所谓良知良能者非他，即生元之知、生元之能而已。自圭哇里氏发明生元有知之理而后……今皆可由此而豁然贯通，另辟一新天地。”生元之知、之能，就是孟子所说的良知良能。自从发现“生元有知”的理论以后，哲学家所不能明白的，科学家所不能解释的，进化论者所不能通达的，心理学家所不能说明的，便可由“生元有知”论豁然贯通，而开出新天地。
“生元有知”作为天地万物的生命起始，而先验地赋予其良知良能；“生元之结聚于人身各部”，包括能思之心。他说：“夫国者，人之积也。人者，心之器也。国家政治者，一人群心理之现象也。是以建国之基，当发端于心理。”人是心的器皿，国家是人的积聚，国家政治是一群人的心理现象。换言之，人、国家、国家政治都受心的制约，由心来决定。
基于他对心的这种决定性的价值体认，他说：“是故政治的隆污，系乎人心之振靡。吾心信其可行，则移山填海之难，终有成功之日；吾心信其不可行，则反掌折枝之易，亦无收效之期也。心之为用大矣哉！夫心也者，万事之本源也。满清之颠覆者，此心成之也，民国之建设者，此心败之也。”他把国家政治的兴盛与腐败、清王朝能否被推翻、民国建设成功与否等统统归结为人心的振与靡，只要“吾心”的信念与意志认为可行的，即使有移山填海的艰难，也有成功之日。“吾心”认为不可行的，即使像反掌那样容易，亦没有收效的日子。由此，他得出结论，心为“万事之本源”。“人心就是立国大根本”，清朝亡于此，民国成于此。这就是说，心是万事万物最终的根源，即其形而上本体，万事万物都由心来主宰。
从心为万事本源出发，孙中山认为，“古今之革命维新、兴邦建国等事业”，“有志竟成”，“为先知先觉者所决志行之，则断无不成者也”。“吾心”的意志、精神可以决定革命维新、兴邦建国等大事业能否成功。尽管孙中山这里说先知先觉者决志行之，但他并不否定群体之心的作用。譬如政治的隆污，系于人心之振靡，即意蕴民心的向背。如发展实业（工业），“此为兴国之要图，为救亡之急务，而能万众一心，举国一致，而欢迎列国之雄厚资本，……则十年之内，我国之大事业必能林立于国中”。若能做到万众一心，必先奠基于方寸之心。他说：“要做革命事业，是从甚么地方做起呢？就是要从自己的方寸之地做起。要把自己从前不好的思想习惯和性质，像兽性罪恶性，和一切不仁不义的性质，都一概革除……自己能够在心理上革命，将来在政治上的革命，便有希望可以成功。”由己及万众，万众才能一心。“国民国民，当急起直追，万众一心，先奠基于方寸之地，为去旧更新之始，以成良心上之建设也。”万众一心，一统思想、意志，必须从每人心上去旧更新，以完成良心上的建设，才能完成建立中华民国的大事业。
