政府管辖教会原则的确立
宗教改革运动之时，也是变诸侯领地为诸侯邦国的关键时期。诸侯邦国在萨克森、巴伐利亚、蒂罗尔等地相继兴起，与这些地方诸侯力量强大、农民的社区发展相对较弱有关。邦国难以在那些政治结构仍主要依赖于农业秩序的领地上建立，如莱茵河上游的士瓦本和法兰克尼亚。诸侯通过削弱地方贵族和教会的势力而强化自己。结果，诸侯的势力变得更强。
诸侯很明白宗教改革给自己发展领地政府提供了机会。在德国，教会省区的设立与诸侯的邦国是并存的，以至于成为诸侯邦国中的“国中之国”。此外，在诸侯的邦国内普遍存在着自成体系的主教区，成为与诸侯政府分庭抗礼的强权势力。诸侯对此非常不满，却无力以单个诸侯身份与主教们公开对立。现在，帝国会议赋予诸侯管理宗教事务的权力，诸侯们就想要通过改革教会而为自己谋取利益。
首先，诸侯在自己的领地政府内新建宗教事务管理部门，对教会进行管辖。这个部门的核心是一个委员会，设几名成员，负责人为统治者派来的代表。在委员会之下，设立各级管理机构：在行省一级，设立路德派的主教；在乡村，设牧师。这样，邦国的宗教事务都被诸侯的官僚机构所掌控，政府管理教会的原则由此确立。世俗政府不仅接管了原来由教士管理世俗事务的那部分权力，而且也把教会纳入到了自己的管理范围。这种做法，实际上就是确立了由世俗政府来管理宗教事务的近代政治原则。宗教改革后的德国，无论是信奉新教的地区，还是信奉天主教的地区，政府都开始直接插手管理宗教和教会的事务。宗教改革的一个成果是由地方诸侯决定自己领地内的宗教信仰，从而使世俗政府或世俗统治者管理教会成为可能。尽管德国无法建立像英国和法国那样的近代政府，但是在诸侯的邦国中，集权化的半封建、半近代的政府却产生了。教会再也无法与政府分庭抗礼，而是成为政府管理下的一个部门。在自己的邦国内，诸侯现在按照自己的意愿管理领地内的宗教事务，而他自己也成为了教会的实际领袖。利用这一点，诸侯们开始神话自己，而马丁·路德也宣扬统治者的权柄来自于上帝，为世俗统治者管理教会和世俗事务提供理论上的合法性。
第二，收回主教司法权。无论在诸侯邦国，还是在帝国城市，涉及到婚姻、家庭、道德的案件现在都归政府审理，主教宗教法庭拥有的司法权被收回。对于这一部分权力的接管，意味着政府职能的扩大。采邑既然转化成了邦国，领地法律就成了统治依据，这在15世纪中叶达到高潮。图林根是在1446年，巴伐利亚是在15世纪40年代，下巴伐利亚是在1474年，萨克森是在1482年，符腾堡和巴登是在1595年，黑森是在1497年和1500年。领地法令（Landesordnung）一词在1489年至1499年期间开始流行并在文件中出现：“在传统的意义上，一个地区是以语言和习俗来定义的，而不是根据诸侯的权威来定义的。例如士瓦本和法兰克尼亚这样的具有历史意义的实体，都是指拥有众多领主却只有一块土地的地区。然而，领地法令的出现，却意味着新的‘领地’取代了旧的‘地区’，同时习俗也让位给新的‘规约’。这两种变化，其基础都是诸侯的权威，因为这种权威的缘故，地区就变成了领地和习惯法。”领地政府颁布的法令在15世纪要比过去1000年中的其他任何时候都多得多，既制约了地方贵族，又严重削弱了农民自治乡村法庭的权力，因为“地方统治者利用其权力颁布的命令越充分，乡村法庭创造性的司法权力就越有限”。
第三，收回教会、修道院拥有的大量土地财产。随着修道院的关闭，教会的资源现在又回到了世俗政府手里。有时，这种回归是通过交换土地、任命新主教等方法来完成的。例如：在宗教改革运动的冲击下，有三个萨克森主教区处于动荡不安的状态，这给了诸侯以机会。1559年，马森主教不得不用占自己领地一半的在斯多本的领地交换萨克森的穆尔贝格区，在新交换地区里他只是一个地主，没有领主权。1581年他不再担任主教，其在乌镇和穆根的其余地区也落入萨克森领地。1545年，诸侯势力进入梅泽堡主教管辖区，说服了天主教会选举萨克森的诸侯奥古斯特（后来的选帝侯）为主教区的行政官。继1547~1561年间由天主教主教统治教区后，已经成为选帝侯的奥古斯特利用主教逝世等机会，开始了进一步控制教会的计划。在他授意下，他的年仅8岁的儿子亚历山大被选为教区的行政官，梅泽堡主教区由此永久性地并入了萨克森领地。诺姆堡也是如此。1542年选帝侯遴选了一位新教徒担任主教，尽管在1547年查理五世胜利后他被迫去职，但1564年的新任主教却把主教区完全并入了萨克森。在诸侯政府统治下，原主教区的政治权力和行政权力中的绝大部分被剥夺。宗教改革运动由此就支持了诸侯领地邦国的发展，为诸侯领地邦国的兴起奠定基础。
财产、司法权和政府管理教会使诸侯邦国日益强大，领地内的各个阶层都听命于政府。诸侯领地政府在宗教改革时期得到加强。主要表现在：首先，无论在信奉新教还是在不信奉新教的地区，诸侯都成为该地区宗教的实际首领，这使他们具有了宗教的威严。对于宗教改革而言，它在坚持灵魂世界由上帝来决定的同时，也鼓励诸侯按照神法来对自己的领地加强管理。德国诸侯充分利用了这一点，他们之所以对宗教改革的原理抱有极大的兴趣，是因为他们看到了难得的机遇：一方面，他们可以完全摆脱罗马教廷的干涉；另一方面，他们可以完全摆脱皇帝的左右。宗教改革的原理被德国诸侯直接用来加强其领地政府的建立。因而，以一种看来可疑的方式，诸侯们强化了自己对于领地内政治和教会的控制，并且不失身份地为自己利益的攫取找到了合理的解释。诸侯权力强大起来后，引起了皇帝的感叹。皇帝马克西米利安一世这么自嘲：“我是一个‘国王的国王’，附庸们随心所欲、为所欲为；而兄弟之邦的法国君主却是‘动物的国王’，属下对他毕恭毕敬，绝对不敢违抗。”
