薪酬未能与市场接轨。薪酬制度与市场经济对接方面存在两个问题。其一，完全市场化的企业应当是根据劳动力市场的供求特征来调节自身的薪酬结构，其薪酬的支付应该是动态的，在供求平衡点附近移动的。但是我国的国有企业，大多还是按照自身的节奏来对薪资状况进行调整，甚至有些岗位的工资已经固化，造成自然垄断型企业的薪酬常年高于市场均衡水平。其二，不同的国有企业共用一套薪酬结构。不同地域、不同行业的国企均将工资划分为职位工资、技能工资、绩效工资三项，而难以作出因地制宜的调节，容易造成企业薪资与所处的经济生态圈市场环境差异很大，更难以形成对职工的有效激励。
绩效考核制度有待加强。绩效考核也是人力资源管理的核心概念，到目前为止，已在全国范围内普及了国有企业的绩效考核制度。但是，由于基层国企领导干部和职工的思想没有随着考核制度的应用而发生改变，出于“一团和气”的考虑，绩效考核轮流坐庄或平均主义的情况十分普遍，使得考核流于形式，考核的结果自然不能反映企业内部的真实情况与每位员工的贡献多少，绩效工资就成为了轮流坐庄的结果，无法对职工形成有效的激励。在一些国企，绩效工资甚至是以几人名义领取，所有人平分，这种情况下，绩效考核沦为了职工领取补贴的程序。
分配科目复杂，薪酬体系臃肿。薪酬体系臃肿也是国有企业普遍存在的问题之一，很多国企员工的收入既包含国家规定的薪资，又含有企业单独的福利政策，名目繁多，科目复杂，员工难以知道每项收入的缘由，只知道总的数字。这样，员工不能切实了解到某月工资总量上升或下调的原因，自然无从坚持或更正某一行为，薪酬模式的导向不明一方面造成了企业刚性成本的增加，另一方面也降低了对员工的激励效度。
这一问题虽非国有企业所独有，但在国有企业之中却较为典型，具体原因如下：第一，许多国有企业都是由政府部门改制过来的，虽在结构上进行了调整，基本符合现代企业制度，但员工的思想意识与业务能力还没有跟进市场化的模式，薪资的安排也出现了行政化与市场化两种方向同时存在的问题。
第二，国有企业出于平衡各种关系的需要，在薪资安排上既要体现国家规定，又要表征行业特征；既要契合地区经济环境，又要体现企业对员工的关怀，以此来表达对各方面的重视，这就直接增加了薪酬与福利的数目。
第三，盲目跟风，缺乏统筹。近年来，各种行业协会在企业发展中起到越来越重要的作用，同行业间的比较与沟通的机会也多了起来，少数国有企业在与私营或合资企业的交流过程中，发现较好的薪资激励方式，就直接引入到自身管理当中，没有进行充分的可行性分析，这就直接造成了薪资划分的细碎，令员工不知其激励的目标所在。甚至还有部分空降的薪资制度因水土不服而在实施过程中夭折，造成了人力、物力与时间的浪费。除上所属问题与困境外，国有企业薪酬体制还存在着绩效工资主观分配，薪酬激励通道单一，“人情”观念等问题，亟待解决。
