对于日本农村土地制度改革带来的问题，我们首先来看农民土地所有和城市化的矛盾解决。
在经济高速增长的20世纪60年代，日本出现了城市人口激增而导致的住房紧张的局面。当时欧盟的访日考察团的报告形容日本城市的居住条件恶劣，称日本人都居住在“兔子笼”里。城市住宅建设和农民土地私有发生了冲突。为了适应城市化发展，解决城市居民的住宅难问题，日本政府于1968年制定了《城市规划法》，把全国城市及其周边农村地区划分为四个区域（城市建设区，农地调整区，农地保留区，农地保护区），重点通过统一“划线”的办法，把31万公顷的农地划入新建城区内，计划用10年时间，把这些农地变为住宅。为了推动农地建住宅，政府制定法律规定被划入新建城区范围的农地一律按住宅用地课税，而不是仅课农业土地税，这使得城市建设区内的农民除了想尽一切办法卖地外，还认为继续经营农业将很不划算。这一法律措施大大推动了郊区住宅建设的发展，顺利地解决了日本城市的大规模住宅需求。同时也使得大量郊区农民通过出售土地成为了一夜暴富的房地产业主。许多城市农业调查资料表明，目前都市郊区三分之一的农民家庭，其主要收入来自于不动产（如房屋、停车场等）的经营。甚至由于农林省的计算失误，1968年划入新建城区的31万公顷农地，至1979年，10年间实际只用到了9万公顷，剩余了22万公顷。这22万公顷的剩余农地处在建成的城区住宅包围之中，成为了孤岛状农地 。于是在保护农业的旗帜下，剩地农民还不得不兴起了一场要求废除新建城区内农地的住宅地课税以继续维持农业经营的“都市农业”运动，使都市农业一词再次流行。
我们再来看农民土地所有和农业经营规模矛盾的解决。
战后初期的第二次农村土地制度改革，消灭了地主和佃农，基本建立了农户农地平均一公顷左右的日本小规模农业经营模式。和欧美动辄上千公顷的大规模农场经营相比，日本的小农体制虽然适应日本的水田农业和山地农业，并在初期很好地解放了农民的生产积极性，解决了粮食短缺问题，但却缺乏国际竞争能力，商品化率不高。进入高速经济增长初期即出现了农民贫困问题。20世纪60年代初，日本政府及时制定了《农业基本法》，确立了实现农工同酬的社会目标，主要的手段就是促使小农退出农业，扶持仅靠规模经营就能自立的家庭农场。但是这一目标到80年代也未能实现，日本完全靠农业自立的农户仅占全体农户的12%左右，80%的农民依然是1公顷左右的小规模经营。农民不愿放弃农业的原因，除了对土地私有的传统观念依恋外，主要在于农民离开农业所能进入的其他行业主要是中小企业，其收入不足以使他们完全放弃农业，同时日本的水田农业和山地地形初期缺乏合适的农业机械，很难大规模经营。于是，日本政府并没有通过强制手段促进大农兼并小农，而是另辟蹊径，通过其他形式实现农业的规模经营。这主要是通过发展农业协会的农业共同经营制度。日本在1947年就制定了《农协法》，推动农民100%地加入了协会。通过一系列的政府扶持政策，农协以村为基本单位，逐步实现了农业的统一经营。这不仅包括统一作物品种、统一种子培育、统一种植技术，还包括统一收获和统一销售等。这样，原本以户为单位的家庭经营，在农协的组织下，就变成了以村为单位的集体经营，生产规模从每户一公顷左右扩大到了一村范围的数百和上千公顷的规模，匹敌了欧美的家庭农场规模。通过农协在土地私有基础上的变相规模经营的农业体系，在私有制下充满了社会主义的合作元素，实是日本农村的一大创造。
