日本民间智库三菱综合研究所当年也尝试着对农业的多功能进行了货币评价（表2）。根据这一评价，日本农业除了农产品以外的多功能评估，其价值总值约82085亿日圆，大致相当于一年的农业生产总值（2004年日本农业生产总值为87863亿日圆）。
根据科学家的意见，日本政府在新农业基本法中强调日本农业今后要重点发展生态农业、观光农业和休闲农业，以体现农业的更多社会功能。这也意味着日本农业将得到政府和社会更多的保护和扶持。
但是，由于日本社会本身的深度老年化，日本农业已经面临了后继乏人的严峻时刻。未来的农村改革，将需要解决的是农业的劳动力问题。对此，日本将不得不开放国际劳动市场，在某种程度上依赖发展中国家的年轻劳力来维持农业生产的正常发展。
日本农村行政治理改革的得与失
封建时代的日本农村行政治理，其基本政治形态是幕藩体制下的等级领主制。但由于地理环境因素和征收赋税和劳役的关系，也实施了以自然村落为基本自治单位的国郡乡里村及五户联保的分层管制形态，甚至还有一些宗教组织影响下的独立村落。明治维新以后日本进入现代社会，农村的行政治理变革，可以说经历了三个大的阶段。
第一个阶段是战前时期。
战前日本农村行政治理变革的主要特征，可以说是建立了一种中央集权式官僚主导、以农村大地主势力为核心的管理体制。
1873年明治政府设立了内务省，主管地方政权建设。1888年，明治政府颁布新的市制和町村制，在封建社会传统的自然村的基础上进行大幅度合并，以小学校学区人口规模为基准，建立新的行政村体制。1888年时的71314个町村，1889年末合并成了15820个，大约减少了80%。当时的地方体制，府县（相当于中国的省）一级虽然都设立了议会，但府县知事和市町村首长并不通过选举产生，而都必须由内务大臣任命。通常府县知事和市长大都来自内务省官僚，而町村首长均由内务省从各地的名门望族即大地主阶层中任命，这延续了封建时代的习惯做法。在新的行政村体制下，旧的自然村以“大字”等名称依然保留下来，仍旧发挥了传统的村落自治的生活生产共同体作用。
一直到战后1947年农地改革，农村大地主的土地被国家征收，大地主在农村的势力才被基本铲除，开始了以小农自治为核心的新的制度。臭名昭著的内务省，战后也和旧日本军队、警察一起被美国占领军总司令部认定为法西斯体制的三大毒瘤之一，被强制解散。
战后日本农村进入了农村治理改革的第二阶段。
战后制定的新宪法第八章规定日本实施地方自治制度，据此日本于1947年制定并公布了《地方自治法》，规定都道府县和市町村均为普通地方公共团体，必须设立各级地方议会并且由居民直接选举首长。为此，总理府内设立了地方自治厅管理地方选举和财政支援等事务，并且在60年代升格为了自治省。从此日本农村开始建立了真正现代民主式的自治行政管理制度。
1953年，日本政府制定了町村合并促进法，1956年又制定了新的市町村建设促进法，开始以中学学区为基本人口规模，进行大规模合并运动。1953年共有9868个市町村自治体，经过合并，1961年减少了三分之二，变成了3472个。
