如果以町村两类自治团体为农村地区的话，战后日本农村地区均建立了议会并设立了教育委员会等专门机构，并且直接选举町村长。在人口非常稀少的农村地区，也可以直接以全体居民大会代替议会。除了民主自治选举这一新的特点，战后日本农村行政治理方面还有以下一些独特的地方：
1.经过合并的町村，大致人口规模在8000上下，因此传统的自然村依然以“大字”、“部落”的形式得以保存，继续在生活和生产方面发挥了共同体的作用，形成了行政村和自然村的双轨制格局。大致公务政事按行政村组织行事，而像消防、社交、传统宗教和文化活动则主要以自然村组织。
2.除了行政村组织外，农民经济合作组织“农协”在农村治理方面也发挥了巨大作用。农协组织根据农协法建立，并达到了100%的农户加入率。农协以行政村为基本单位，并且实现了县级联合会和全国中央会的多层网络，将全国农民联合成了一个整体，在代表农民阶层争取政府支持和保护上发挥了巨大的组织优势。在经济上，农协通过村级组织扩大了农民的经营规模，并且通过县级组织垄断了农村商业市场，农民90%左右的生活资料和生产资料的采购是通过县级经济联合会实施的，把农村商业利润留在了农民手里。农协还通过全国中央组织建立了农协银行和保险等金融业务，把农村金融行业控制在了农民手中，防止了城市资本的入侵、甚至还可以运用农村的资金剩余攻入城市海外商业和金融产业，为农民谋取更大利益。事实上，目前农协的商业和金融保险业是农协组织的最大利润来源，也是为农民增加收入的最大渠道。农协由于以行政村为基本单位，同时也深入自然村，形成联谊组织，因此它的经济活动和文化活动也弥合了农村行政村和自然村双轨制的裂缝，起到了配合行政系统团结农民的凝聚作用。因此，日本农村除了行政村和自然村的双轨制外，农协和行政系统又形成了一种相互合作的双轨制，构成了日本现代农村治理的最大亮点。
3.由于有了农协中央会这样的农民阶层代表组织，日本农民在战后日本社会的每一大进步出现时，都及时地通过和政府的沟通，享受到了社会向农民返回的红利。其最显著的标志就是日本政府和城市同步、及时向农村提供了各种公共服务，在消灭城乡差别上走在了世界各国的前列。比如，笔者在进行日本农村工业化研究过程中发现，构成日本农民从事非农职业的渠道，有相当部分（约三分之一）属于日本政府所提供的农村公共服务职位，比如农村的教师、警察、消防员、农机员、社会保障机构人员、农协干部等等，这些都是通过国家财政雇佣的人员，和城市体系是一样的，基本都由农民自己出任。
进入21世纪，日本农村行政治理改革进入了第三阶段。
21世纪伊始，日本农村又进入了第三轮行政单位大合并——平成大合并。1999年时共有3232个市町村自治体，到2006年时只剩下了1820个，减少了约三分之一。至2013年，进一步减少到了1719个 。
这次大合并的目的，一是壮大地方自治体的规模，节约行政费用，提升实力，以利于地方分权，实现和中央的对等平权关系。二是适应城市化的发展，确立适度规模的城乡结合、功能完备的居民生活圈。在合并以后的1719个自治体中，行政市为789个，行政町为746个，行政村只剩下了184个。如果以町村为农村行政，那么城市和农村行政单位已基本相当，如果以市町为城市行政，以村为农村行政，那么农村只有城市的八、九分之一了。
上述数字反映出日本农村治理的最大问题，在于农村人口的急剧减少和人口老龄化。尤其是以村为行政单位的自治体，人口老龄化率明显要高于市町行政区域。再过10年，也许以村为行政单位的农村区域将难以为继了。这是一个摆在日本面前的巨大难题。
以上从几个主要方面对现代日本农村的改革历程进行了大致的回顾。我们既看到了日本社会迅速发展的一面，也留意到了日本农村治理问题的一面。我们相信，当我们思考中国农村今后的改革时，这些正反经验教训无疑会帮助我们选择正确的方面，避免重大失误，达到事半功倍的效果。当然这些总结只是一家之言，还需要学术圈的共同讨论。
（作者为北京日本学研究中心教授）
