法治与利民爱民
商鞅的以法治国，作为维护统治集团利益的重要手段，要维护君主和统治集团的利益，也要治民，所以商鞅说“民胜法，国乱，法胜民，国强”（《说民》）。故“明君错（措）法而民无邪”（《错法》），因为明确的法律使民众知道什么能做什么不能做，什么有利什么不利，而只有依法办事对民众才是最有利的。所以，“民本，法也”（《画策》），治理民众的根本，还在于法治、以法治民。在这些治民的措施中，包含了对百姓进行统治的严厉镇压的措施，比如连坐法、愚民政策等。但难能可贵的是，商鞅在那个时代，对如何以法治实现利民和爱民的思想进行了探索。“法者，所以爱民也”（《更法》）。
爱民利民就是尊重百姓对利益的追求，制定国家的政策要建立在满足百姓谋利的基础上。商鞅指出，“民之性，饥而求食，劳而求佚，苦而索乐，辱则求荣，此民之情也，民之生，度而取长，称而取重，权而索利，民生则计得，死则虑名”（《算地》），认为人们的一切社会活动都是为了取得利益，“名利之所凑，则民道之”，国家强大必须借民力，“自此观之，国之所以重，主之所以尊者，力也”（《慎法》），一个国家的地位，只有凭借强力才能得到，而国家的强大，就在于统治者善于治理百姓，从百姓中汲取力量：“圣君之治人也，必得其心，故能用力”（《靳令》）。而得民力，必须给百姓利益。而国家能给百姓的最大利益，就在于官爵、土地、房宅和法律的保护等，如果把官爵与农战结合起来，就可以使国家得民力，而民得官爵，国与民各有所得。“凡人主之所以劝民者，官爵也；国之所以兴者，农战也”（《农战》）。“国待农战而安，主待农战而尊”，“归心于农，则民朴而可正也，纷纷则易使也，信可以守战也。……是以明君修政作壹，去无用，止浮学事淫之民，壹之农，然后国家可富，而民力可抟也”（《农战》）。
发展农业就是要使农民有农可务，有地可耕，要从经济上保护农民利益。使“民有余粮，使民以粟出官爵，官爵必以其力，则农不怠”（《勒令》）。同时，通过经济措施，提高农产品价格，鼓励农耕。必须调整好农业与商业的关系，采取抑末政策，限制商业活动，对商业多征税，“不农之征必多，市利之租必重”（《外内》），让农民从中得利，安心务农。商鞅在经济上推行的重大举措是开阡陌封疆，訾（zī，通赀）粟而税，而赋税平（以粮产计田赋，赋税公平才能鼓励农民积极性），从法律上废除了井田制度，允许人们开荒，土地可自由买卖，赋税则按照各人所占土地的多少来平均负担，并规定生产粮食和布帛多的，可免除本人的劳役和赋税，以农业为“本业”。
为了保护农民利益，商鞅之法规定了作为战略物资的粮食由国家专营的政策，“使商无得糴，农无得粜翟”（《垦令》），这一方面使农民只能努力种粮食养活自己，另一方面也改变了商人获粮食之利的习惯，使得农民在荒年不受商人盘剥，也让多余的商人改行种粮食。商鞅推行的新法中，其中重要的一条就是废除井田制实行新的土地制度，史书上说商鞅“商君决阡陌”（《战国策·秦策三》），“为田开阡陌封疆，而赋税平”（《史记·商君列传》）。
商鞅认为，除了重农，使农民得到实际利益之外，最好的爱民之法，就是通过法官、法吏教化农民，使得农民知法并以法保护自己，不受官吏的压迫和盘剥。明智的君主应当使法公知于众，使民知法，“使天下之吏民无不知法”，“吏不敢以非法遇民，民不敢犯法以干法官也”（《赏刑》），不犯法，就会避免法律的惩处，可以避免祸害；知法，就可以以法争利、以法维利。商鞅没有明确提出维护民众个人的政治经济权利问题，但在他的法者爱民的思想中，实际上包含了部分相关内容。法律没有禁止的，民众做了不违法，就有了一定的自由；官吏不能强迫民众做法律没有规定的事，这就在一定程度上维护了民众的权利。
从实践来看，商鞅时期的“民”，主要就是农民，商鞅通过重农、军功、开垦等一系列利农护农的法令，把农民、农业、农村的重要性提高到了空前的高度。商鞅变法时期的农民地位，在中国近5000年历史中几乎是最高的。农商官三个合法职业阶层中，农民是国家的基本力量、是商鞅变法的最大获益者，农业是国家的第一战略产业，农村是受法律保护的区域（防止无业游民、商人、官吏的骚扰）；商人是受限制的；官的主要来源是有粮功、军功的农民，不仅农战一体，而且在大争时代，实际上也是农政一体、农官一体。
法官独立与法治教化是实行法治的关键
有了法律，如果不能很好地实行，也达不到治国的目的。有法不行等于无法，“有法不胜其乱，与无法同”（《开塞》）。为了使法律能得到切实执行，就必须要有独立的和专门的法官来司法。
法官由最高统治者直接设立、法官对君主和中央最高法院直接负责并监督官员的思想，是商鞅在2300多年前提出的一个很有前瞻性、创造性的思想。在他的设想中，由专任的法官、法吏执行法律是实现法治的关键，因此必须在全国征召那些有资质能够通晓法令的专门人才，充当全国各地主管法令的长官，并且由君主和中央政权直接管辖和任命。
独立法官在中央设置三个，一直到郡县皆有。独立法官的任务就是要对官吏和民众解释法律，使民众明白法律，可以依法对官吏行使监督权。同时，法官也直接对各级官吏行使法律解释和审查权，并监督官吏执行中央法律。法官的任务是要使吏不敢以法遇民，民不敢犯法以阻挠官吏执法，从而使法治得以实行。“天子置三法官，殿中置一法官，御史置一法官及吏，丞相置一法官。诸侯郡县皆各为置一法官及吏，皆此秦一法官。郡县诸侯一受宝来之法令，学问并所谓。吏民知法令者，皆问法官。故天下之吏民无不知法者。吏明知民知法令也，故吏不敢以非法遇民，民不敢犯法以干法官也。遇民不修法，则问法官。法官即以法之罪告之。民即以法官之言正告之吏。吏知其如此，故吏不敢以非法遇民，民又不敢犯法。如此，天下之吏民虽有贤良辩慧，不能开一言以枉法；虽有千金，不能以用一铢（行贿法官犯法）”（《定分》）。
专任法官要雷厉风行地贯彻法律，准确地宣讲法律，“法令以当时立之者，明旦欲使天下之吏民皆明知而用之”（《定分》）。对民众乱讲法律或者宣传法律有误者，要受到法律的严惩。如果法官忘记了要宣讲的法，就按忘记的法条来惩罚法官；法官调离后，新任的法官必须要在规定时间内熟悉所有法令的内容；法官对官吏或民众宣讲法令时，删改或增减法令要被严惩；官吏或民众询问法令时，法官要遵守相关程序，必须明确告诉相关内容，并制作相应的文件一式两份，将回复一份给询问者，另一份留底备用。如果因法官给询问者的答复不对而导致询问者犯罪，主管这件事的法官要被追究法律责任。因此，有独立权责的法官、法吏对推行法治起着至关重要的作用。
商鞅对各种教化都持否定态度，唯独对法律的教化提高到了无以复加的程度，他实际上是法为教化，以法官和法吏为师，通过法官和法吏的教化，使官吏和民众都了解法而避免犯法。进一步说，只有法治才能使最好的道德建立起来，因为法治具有惩戒和预防作用，“故王者刑用于将过，则大邪不生”，“天下行之，至德复立，此吾以杀刑之反于德而义合于暴也”（《开塞》）。
明法就是国家公开法律，使法律透明化，让民众学习，以此为准绳，掌握为与不为的标准，使普通民众乃至人人皆知避害就福，这就是所谓的“弱民”，即百姓守法，如果百姓不遵法，则会变成“强民”，而“民胜法，国乱，法胜民，则兵强”（《说民》）；为了让百姓知法明法，商鞅进一步提出必须让法律简明易懂，如果法律只能让智者才能懂，就不可以为法，因为“民不尽智”，如果法律只能使贤者才能明白，也不可以为法，因为“民不尽贤”，“故圣人为法，必使之明白易知，名正，愚智遍能知之”（《定分》）。专任的法官、法吏也有义务向民众解释宣传和普及法律，因此“置法官，置主法之吏，以为天下师，令万民无陷于险危”（《定分》），这也是“为法置官吏”的含义。
司马迁对商鞅多有批评，他所编造的商君逃亡住店的故事（《商君书》中“废逆旅”即废除旅店，按理说当时应当没有旅店），本意是批商君的法治的“为法之敝”，但却从另一个侧面表现了当年商君法治的深度和广度：当他逃到关下“欲舍客舍，客人不知其是商君也，曰：商君之法，舍人无验者坐之”，意为如果客人没有证件住店，店老板要受连坐之罪。但反过来也说明，当年商君的法治在秦国确实为人人皆知，以至于偏远边境上的小旅店的老板在对待他这样的大人物上也是依法办事，也知道严格守法、不徇私情。这也可从其他史书的记载中得到佐证，《韩非子·五蠹》篇中也指出：“今境内之民皆言治，藏商、管之法者家有之。”
