建立以食品安全为导向的农业科技进步机制。近年来发生的一些典型食品安全事件中，许多是在食品加工过程中出现的食品安全问题，由于对相关技术缺乏严格的检验与验证就被用于生产过程，最后造成食物污染和食品安全事件。为此，政府应加强对有利于食品安全水平提升的科技进步的方向性引导，如食品添加剂安全性评价与安全使用标准的研制、食品接触性材料的安全性检测、食品安全的溯源体系与原产地保护等，使之朝着有利于食品安全方面的方向发展。
转变农业发展方式要求建立保护环境、节约资源的农业生产体制
农业是高度依赖资源条件、直接影响自然环境的产业，农业的资源利用方式对实现可持续发展具有重要影响。新中国成立以来特别是改革开放30多年来，我国农业发展取得了举世瞩目的成就，但也要看到，我国农业发展方式粗放、资源消耗过大等问题日益突出。我国农业用水量占全社会用水量的70%以上，有效利用率只有40%多，而先进国家达到70%多。我国化肥、农药利用率仅在30%～40%之间，单位面积化肥使用量是美国的两倍多。因此，转变农业发展方式是农业生产突破资源环境约束、实现可持续发展的根本出路，保护环境、节约资源也是转变农业发展方式的必然要求。
推进农业生态文明制度建设。农业生态文明是使农业生产的自然生态系统和人类经济社会生态系统的和谐共生、良性循环，实现农业生态、经济、社会的全面、协调、可持续的农业经济发展模式。
探索建立生态补偿和技术补贴机制。针对不同地区生态环境建设的需要，明确补偿环节和补偿主体，完善补偿标准和操作规范，探索补偿机制。紧密围绕保障粮食安全、生态安全、农产品质量安全等重大需求，按照“重点产品、重点区域、重点技术”的原则，选择一批资源节约型和环境友好型的农业新技术，采取对生产者直接补贴与间接补贴相结合的方式，探索建立农业技术补贴的有效机制。
建立农业环境影响评价制度。在制定农业规划、计划及重大农业经济行为的拟议过程中，要求必须开展农业环境影响评价，把农业生态环境保护和经济发展结合起来、统筹考虑，从源头上解决对农业生态的危害问题。同时，加大农业执法检查的力度。
完善农业生态文明相关法律建设。制定“农业生产清洁法”或“农业面源污染防治法”，使农业生态环境保护和资源的合理利用得到法律上具体而切实的保障。
建立完善的生态文明教育和宣传机制。生态道德意识是建设生态文明的精神依托和道德基础。只有大力培育农民的生态道德意识，使广大农村干部和群众对生态环境的保护转化为自觉的行动，才能解决生态保护的根本问题。
坚决执行最严格的耕地保护制度和集约节约用地制度。健全耕地保护责任考核机制。一方面，完善政府耕地保护责任目标考核工作。把对省级政府的考核工作作为土地管理的综合性工作，努力实现考核工作走向制度化、规范化、技术化、日常化。另一方面，研究强化耕地保护共同责任机制，充分调动基层政府和广大群众保护耕地的积极性和主动性。
建立耕地占补监管制度。通过强化补充耕地项目上图工作，加强对补充耕地项目造地环节的监管，以实现对耕地占补平衡中补、备、核、用、考的全程监管。
探索建立高标准基本农田建设新机制。从“十二五”期间完成四亿亩高标准基本农田建设任务出发，按照“民办公助、以补代投、以补促建”的方式，倡导鼓励地方以补偿方式将农村集体经济组织或者农民能承担的高标准基本农田工程交给农民实施，让农民“用国家的钱、整自己的地”，充分调动农民集体和农民个人参与基本农田建设和保护的积极性。
加强建设用地批后监管和集约用地考核、评价、问责机制。严肃查处违法案件，实施通报、约谈、挂牌、问责、限批等综治措施，保持土地执法高压态势。建立违法违规用地企业诚信档案，凡违法占地的单位和企业，土地评估机构不为其贷款评估土地资产价值，国土资源部门禁止其参加土地竞买等。
加快有利于循环农业发展的体制机制建设。尽快制定循环农业发展规划。重点在农业资源的节约与高效利用、农业废弃物的资源化利用、农业产业链延伸过程中的清洁生产等方面，提出未来数年农业循环经济发展的思路、途径、目标和模式，及相关的工程措施、重点支持领域与保障体系。编制节水、节地、节肥、节劳、节本与农业资源综合利用等专项规划，提出发展目标、重点和政策措施，并纳入长期农业发展规划。
推进循环农业发展的技术创新体制建设。加大力度在农业清洁化生产的技术链接、绿色生产技术和农业资源多级转化、资源节约高效利用与废弃物的资源化技术、循环农业技术标准规范、农村生态小城镇建设技术、农村生活消费绿色技术等层面，开展整合与集成研究，建立完善的推动循环农业发展的技术创新体系与技术示范推广体系。
建立多元化的循环农业投入机制。配合社会主义新农村建设，以循环经济理念为指导，在农业资源循环利用、农作物秸秆与畜禽的粪便资源化与无害化处理、农产品加工过程，探索建立以国家投入为引导、多元化的投入体系。
完善有利于发展农业循环经济的法规和政策。加快建立绿色的国民经济核算体系，建立与发展农业循环经济相一致的价格体系，建立完善鼓励生产和使用节约农业资源和环保型产品的财政税收政策，扶持绿色产业和农业资源节约型、环境友好型企业发展，充分运用好监督手段，加强执法监督，积极推动有利于节约农业资源和保护农业生态环境的法律贯彻实施。
优化财政支出制度。加大中央财政对中西部贫困地区农业生态环境保护的支持力度。中西部贫困地区由于农业资源禀赋先天不足，生态系统较为脆弱；农业资源后天利用不当，生态环境恶化，生态文明建设任务繁重。另一方面，中西部贫困地区经济落后，无法承担巨额的生态文明建设费用，必须依靠中央财政的转移支付。
建立农业生态环境保护财政支出不断增长的长效机制。明确规定各级财政农业生态环境保护的投入责任、投入方式以及监督检查等。并建立评估考核机制，每半年公布一次各地区各级财政农业生态环境保护的支出情况以及主要污染物排放情况、重点工程项目进展情况、重点流域与重点城市的环境质量变化情况。评估和考核结果作为考核地方各级人民政府政绩的重要内容。
继续加大对水土保持支持力度。水土流失是我国农业生态环境的最主要危害之一，直接影响着我国农业增长和农业发展方式转变。财政资金应加强对退耕还林还草支持，修复已被破坏的生态环境。
转变农业发展方式要求多项制度改革联动推进
农业是国民经济的基础，是安天下、稳民心的战略产业。尽管目前我国农业产值在国内生产总值中的比重有所降低，但农业在国民经济中的基础地位没有变，农业依然是衣食之源、发展之本。2008年我国人均国内生产总值超过3000美元，这是经济发展阶段的重要分水岭。从国际经验看，这一时期既是农业现代化建设的重要机遇期，也是农业发展的风险期。美国、西欧各国在进入这个阶段后，都开始注重农业发展方式转变。
户籍制度改革和土地制度改革要联动。自古以来我国的户籍制度与土地制度就有着密切的关联，户籍和地籍是高度重叠、紧密相连、共生互动的。户籍是分配土地的依据，也是政府征收赋税和徭役的基础。当前我国现行的农村土地制度也是以户籍制度为基础构建的。面对我国人多地少的国情，加快转变农业发展方式必然要求减少农民和土地规模经营，因此要把户籍制度的改革置于四化同步发展的大框架中来，与相应的土地制度改革联系起来，给予农民公平的发展权利，实现农村和城市的统筹发展，农业、工业、城镇化的协调发展。
