乡村治理的三方面突出问题
乡村治理是一个复杂的系统工程。从治理主体来看，不但需要政府各个部门的协调，更需要群众的积极参与；从治理对象来看，不但包括产业的发展，而且包括生活设施和生态环境的改善。基于对全国近40个县美丽乡村建设状况的调研显示，乡村治理普遍存在下列几方面的问题：
产业发展方面
产业确定脱离基层状况，产业发展缺乏支撑。产业发展方向方面，很多地方在产业惠民方面缺少明确方向，往往是领导在赴外地考察之后，不顾地方实际盲目确定；在资金支持方面，金融部门往往不愿支持农民的创业；在基层扶贫工作开展方面，很多是政府一厢情愿，项目导向，不顾基层实际需要；在技术支撑层面，缺乏科研技术人才，农民无法从事所选择的产业，等等。
农业生产设施越来越不适应农业现代化的要求。主要表现在田间道路、桥涵损毁严重，农业机械难以通行；缺乏排灌设施，一旦遇到强降雨，极易引发洪涝灾害；通村公路已经不适应农业现代化的发展要求，随着土地流转规模不断扩大，大型农机具越来越多，其已经不能满足通行要求。
农业生产组织（合作社）作用远未发挥。部分合作社的成立是为了套取国家政策资金，在农业生产中并没有发挥相应的作用。此外，农民种植粮食的风险较大。在粮食主产区，农民种粮首先要面对自然灾害风险，其次是市场风险，最后还有极大的致贫风险。对黑龙江省的调研发现，90%的农民都是依靠贷款种粮，为此需要支付大量的利息，一旦遇到自然灾害，农民将受到很大打击，当年的贷款无力偿还，第二年就无法贷款用于农业生产，一夜之间农户就可能从温饱返贫。
基础设施方面
乡村治理中缺乏有效的规划。调研发现，乡村治理的很多方面都缺乏科学有效的规划，特别是在基础设施建设方面，涉及的相关部门都是根据自己项目的需要，选择相应的村进行实施，部门之间缺乏协调，重复建设现象特别严重。
另外，在农村道路建设方面也存在一个严重问题，即主要道路通到行政村所在地，而村组道路难以贯通。特别是在广大山区，村组分布特别分散，地方推行村组合并后，道路通达位置引起农民较大不满。
监督机制缺失导致地方政策执行出现一系列问题。以村庄危房、泥草房改造为例，为了促进资金有效利用，地方多采取 “以奖代补”方式来推动。但有效监督机制的缺失往往导致如下几个问题：一是为五保户提供最高额度的补偿资金，但这些农户无法承担前期的费用，为此地方多采取村干部或者五保户的亲戚先期垫付方式应对，但这不是解决问题的根本之策；二是对于山区来讲，虽每户有6000元左右的危房改造补偿金，但配置的材料购置、运输成本之高却让很多农户不得不放弃这种补偿；三是村两委领导利用职务之便，为一些经济条件相对较好的农户办理危房改造补偿，从中获取利益；四是农村低保户甄别不规范问题严重。调研发现，农村享受低保的农户表现出“三三制”，即确实因家庭困难，应该享受低保的农户占1/3，村里最富裕但享受低保的农户占1/3，村干部的亲戚享受低保的农户占1/3。很多地方在低保户申报方面存在严重的腐败问题，有的只要向村干部送礼800元到1500元，即可办理低保户。此外，低保政策还存在严重的“养懒汉”现象。
基础设施的管护机制缺失，导致国家投资的浪费。一些地方获得国家环境保护部门推行的农村集中连片整治项目，污水处理厂、垃圾中转站都建设得非常好，并且配备了垃圾运输车，但因运营及管护的组织、资金的取法等机制缺失导致这些设施闲置。
