其次，出现“楼顶养猪、绿化带种菜”等独特的社区现象。目前，在我国绝大部分农村地区，农业还是农民主要的生产活动，庭院经济和家庭养畜还是重要收入来源，土地还是主要的保障手段，以村庄为主要形式的农村村民点还是比较适合农村村民居住和从事各种生产的。面对突如其来的“上楼”，很多村民特别是老年人难以在短时间适应，加上与土地、牲畜间难以割舍的感情，部分村民就会选择在楼顶或绿化带等公共空间上开辟出“自家的领地”，用来养猪或种菜。
再次，乡土关系弱化，村庄凝聚力下降，村民关系渐趋生疏。在以农民集中居住为重要特征的新型农村社区建设中，其中的重要环节就是村庄间的合并和外来人员的加入。伴随着村庄的合并，原本以血缘、地域为纽带的相对封闭的传统村居格局被打破，原属于不同村子的村民成为了共同的社区居民，这就弱化了村庄原有的乡土关系。新型社区虽然改善了农民的居住条件和生活环境，但社区中的高层住宅和防盗系统已经不便于村民串门聊天，不便于村民间互帮互助，尤其是社区内“公共空间越来越少，一些幸存的公共空间的功能也弱化了”，加上外来“陌生”人员的加入，旧有农村中沾亲带故的温情关系逐渐让位于组织化、制度化的业缘关系，原有村庄共同体的凝聚力被削弱，村民间的关系也渐趋生疏、冷漠。不同村民间如何“住好”成为需要迫切解决的问题。
最后，如何管理并服务好超越村界的新型社区是新型乡村治理面临的一大挑战。在村庄合并之前，原有村中已有本村的精英在管理村庄。现如今，新型农村社区建设带来的村庄合并，一方面带来部分精英“领导”职务的丢失，另一方面新型社区的“领导”也不可能对所有的村庄都知根知底，新“领导”对社区的管理、整合能力可能不及昔日的族长。而且，新社区实行的依然是村民自治制度，这就可能引发精英们为赢得社区管理控制权展开博弈，不仅影响、削弱了精英们自身力量的发挥，而且还致使农村社区难以形成具有持久影响力、可以全心全意为村民服务的权威中心。因此，如何管理服务好超越村界的新型社区，将以村民自治为核心的传统乡村治理结构嵌入到开放的新型社区建设之中，也是新型乡村治理面临的一大挑战。此外，随着新社区的建设，社区内公共事业的投入不断增加，事关村民生计的许多公共服务职能向基层不断延伸，乡村治理的外延逐渐扩大，如何承接这些任务、保障好公共服务的供给是乡村治理面临的新挑战。
“空心村”治理面临的新挑战。首先，影响村民政治参与的效果。目前，农民主要以村民自治的方式参与村级公共事务管理，村民自治作为扩大农村基层民主的伟大创举，在保障农民民主权利、组织乡村建设等方面都发挥了积极作用。但“空心村”的出现及大量存在使得村民自治的效果大打折扣。一方面，大量农村青壮年劳动力向城市转移，且常年在外，使得村治权力难以触及到治理对象；另一方面，由于外流的大多是能力和学历较高的年轻人，留守人群以老弱、妇女和儿童为主，农村面临人力资本流失、人才短缺的困境，给村级管理人才的补给和更新带来了困难，某些村庄甚至找不到合适的村干部人选。空心化或半空心化的情况下，仅靠留守妇女、儿童和老人很难进行有效的民主决策和村庄建设，部分地区甚至出现民主选举时只剩老人、妇女投票的现象。较高素质人才的大量流失使得村干部素质结构和村级选举有效参与率不断降低，这都影响了村民政治参与的效果。此外，这种情况也很难保障全体村民的权利。仅靠老人、妇女、儿童不能有效监督村官权力；村民的政治参与度低导致村民的意愿得不到充分尊重；外出村民的知情权得不到保障等。
其次，影响村中的治安状况。农村青壮年劳动力的大量外流，导致农村人口结构比例严重失调，其安全保障体制也必然面临新的挑战。近年来，随着农村青壮年劳动力的大量外出，“空心村”内治安出现很大问题，盗割电缆，盗窃家电、粮食等案件频发；农户为脱贫致富而圈养的牛羊猪、鸡鸭鹅等牲畜和家禽也难以幸免。由于家中只剩老人、妇女和小孩，即使在正面遇到类似情况时，家中成员也无法上前制止，或者出于对自身安全的考虑，只能眼睁睁看着事件发生。
再次，影响公共服务的供给。在留守老人和妇女占大多数的“空心村”，传统垂直的线性行政管理方式很难提供深入细致的公共服务，无法从长远上满足农村困难群体对公共服务的需求，这既有农技服务供给的缺失（如农田水利设施老化、年久失修等）和公共卫生服务的供给缺失（好多“空心村”内环境“脏、乱、差”，垃圾遍地、杂草丛生、污水横流），也存在原有道德秩序、纠纷调处以及心理疏导机制的缺失等社会工作服务方面的问题。
最后，对留守老人和妇女的帮扶缺失。青壮年男性劳动力的大量外出，给留守妇女留下了难题：照顾老人和子女的负担加重、夫妻情感和精神慰藉缺失等。部分留守老人因得不到子女的生活照料和精神慰藉面临生活困难，甚至生命安全都受到极大威胁。近年来，关于留守妇女和留守老人被强奸和自杀的新闻频频见诸报端。
