“超级村”治理面临的新挑战。在“超级村”的发展和扩张过程中，治理体制滞后亦会引发突出矛盾。具体面临的问题有：
第一，僵化的村籍制度引发财富和福利分配的矛盾。“超级村”本身并不具有城市的开放性和容纳性，在僵化的村籍制度下，村庄往往以自己的土著村民作为村庄经济的利益主体，而对新加入群体采取排斥性和歧视性措施。这就导致新加入村民和土著村民间在利益分享中有着截然的差别，且这种差别反映在村庄利益分配的各个领域，包括村集体财富、社保和各类福利等，就如同一道鸿沟把组织内外的人一分为二，形成封闭的村庄利益格局。但是，如果将村集体财富等共同分享，又会引起一些土著村民和村领导的反对。长此以往，容易引发新加入村民和土著村民间的矛盾。
第二，人口变动增加治理难度。随着“超级村”的扩张，人口规模由原来的几百、上千人变为上万甚至十多万人。而且，村庄中除当地村民外，还有大量外来务工人员等，这就会增加村庄管理、服务、协调的幅度。此外，村庄间的兼并、人口的大量集聚，容易引发村与村、家族与家族、村民与外来务工人员之间在资源、财富上的冲突。加上原有的错综复杂的社会关系、历史恩怨，矛盾就更加复杂，这势必会影响村庄稳定，进一步加大了村庄治理的难度。
第三，治理内容发生变化，容易陷入“小牛拉大车”的困境。最开始，村庄只需要管理小范围的区域、服务好几百人的群体，依靠村集体企业创造的财富就足够。村组织管理的主要职责也就基本围绕在村集体的公益事业，如修路、办学和综合治理等。随着村庄的扩张，管理范围和服务人群也随之扩大，对村庄产业发展提出了新挑战。村庄扩张后，更需大力发展产业、壮大集体经济实力、增加村民收入、改善村民生活。除此之外，还要为村内的村民和外来务工人员提供各种服务和保障。如果治理不善，就会陷入“小牛拉大车”的困境。
第四，村庄高度集权，容易滋生腐败。“超级村”的发展大多靠的是能人带领，而村庄的“领头羊”往往又高度集权，在村中拥有绝对的权威，可以支配几乎所有的村庄资源；而且，“超级村”大多产业庞大，集体收入很高，但村集体产业的管理控制权往往集中在“领头羊”及其家族手中。村庄管理者能否廉洁治理、合理分配财富也是“超级村”治理面临的重要问题之一。
“城中村”治理面临的新挑战。不可否认，“城中村”在城市发展的初级阶段发挥了至关重要的作用，但是，随着城市发展水平的提升，日益严重的“城中村”困局为新型乡村治理带来了挑战。一方面，人口杂乱，治安形势严峻。“城中村”中的村民主要由村民、市民和流动人口混合构成，人员混杂；而且，在城中村内的流动人口又以中低端劳动者为主，治安问题面临很大的压力。另一方面，乱搭乱建的出租屋广泛存在。为向数量庞大、经济收入又不高的流动人员提供房源，城中村大多在宅基地的基础上进行盲目扩建，形成了“贴面楼”、“一线天”等独特“景象”，这种高密度的住宅群给社区管理，特别是给治安、消防等工作带来很大的压力。再有就是基础设施不完善，环境卫生条件差。与城市相比，“城中村”的基础设施和公共服务依然十分落后，且由于大量流动人口的快速涌入，生活垃圾暴增，垃圾成灾。
如何推行新型乡村治理
新型乡村治理，不能按照传统的乡村治理方式搞“一刀切”，而要迎接新型农村社区、“空心村”、“超级村”、“城中村”等新情况带来的新挑战，进行全面、系统分析，因地、因村制宜，解决好新问题，实现新发展。
如何治理新型农村社区。首先引导农民向居民的实质转变。伴随着村庄成为新型社区，农民也转变为社区居民，这不仅仅是身份的转变，更包含生活方式、生活理念等的转变。在原来的村庄生活，农民基本上过着“院内养鸡鸭、养猪或种菜”、“烧柴做饭”、“火炉取暖”的庭院生活；集中上楼居住后，旧有的庭院没有了，至多变成了面积狭小的车库或仓库，原来的生活方式也发生了转变，天然气做饭、集中供暖成为了“必需”，公共活动空间也变得狭小。这些突如其来的改变让农民短期内难以适应，因此，需要集体组织加强对农民特别是中老年农民的引导和帮扶，帮助他们逐步转变生活方式和生活理念，实现其从农民向居民的转变，以更好地适应社区生活。
