乡镇财政能力弱化导致乡镇政府“矮化”
预算（特别是支出预算）流于形式
例如，华北某县的A镇向镇人大报告的2014年财政支出预算安排1600万元，其中只包括政府机关工资及办公经费、退休人员经费、农村公益事业补助、村干部工资及办公经费、公益事业建设经费五类，且仅列出了大类和金额，年度决算后的实际支出是预算的7倍。这也意味着，预算草案中仅列入了人员工资、办公等经常性经费，没有真正起到预算的作用。
现实中，大部分乡镇财政支出游离于人大监督之外，也没有进行公开，辖区内公众的参与程度低。这种流于形式的预算编制，无法达到政府理财民主化、科学化、透明化的要求，不能反映基层民众的需求，也无法准确体现乡镇政府对公共资源的分配和对公共物品、公共服务的提供，不利于人大和社会公众对乡镇财政预算的监督。究其原因，主要在于实施“乡财县管”改革后，乡镇政府大部分的支出安排由县级层面决策，再通过专项转移支付的形式下达给乡镇，乡镇政府无法准确预计并安排下年度预算。
组织收入功能削弱
“乡财县管”只是改变了政府间的财力配置和资金管理方式，没有增加县级和乡镇的总体财力；而且由于乡镇组织收入功能的弱化和积极性的下降，还在一定程度上导致基层的财力萎缩，提供公共服务的能力下降。乡镇经济发展功能弱化的直接后果是辖区内企业减少，大量失业居民只能依靠政府提供的公益性岗位就业，不但收入水平极低，还增加了政府的财政负担，形成了越不发展经济就越没有财政收入和就业岗位，但失业救助又需要增加财政投入的恶性循环。
乡镇政府职能弱化
实施“乡财县管”改革后，不但财力集中到县级以上政府，事权（管理的决策权）也相应地集中到县级以上各职能部门。这些部门通过项目审批和专项转移支付来追求自身利益，而乡镇所具有的仅仅是办事责任，实质上成为县级政府的派出机构。上级部门设置考核指标，对于乡镇政府而言，往往办事责任所需资金远超上级部门下达的转移支付资金，但是若达不到上级部门的要求，其就将面临到上级部门的考核问责。
此外，在现阶段，乡镇政府经常会接到上级政府部署的临时性任务，例如上级领导在某次会议上临时决策或在某次调研中临时部署的事项，这些任务大都没有预算安排或没有对应财力，需要乡镇政府临时筹措资金，进而增加了管理上的难度。
公共品提供能力受限
实施“乡财县管”改革后，涉及农村公共设施、公共事业、公共福利、公共服务等领域的公共物品和服务的大部分事权和财力被集中到县级以上的职能部门，乡镇政府能够自主掌握的财力有限，只能被动地执行上级部门决策的事项，按要求使用上级下拨的转移支付资金。
乡镇政府是直接接触村镇居民的一级政府，最了解辖区内居民的社会需求，而掌握事权和财力的上级部门并不了解居民实际需求，往往从政绩观、部门利益等因素出发考虑并作出决策。乡镇政府公共物品和服务提供能力的弱化，客观上导致了辖区内居民的诉求无法得到解决，激化了百姓与政府间的矛盾，加大了基层政府治理的难度，抬高了行政运行的成本。
县乡间转移支付制度不合理且存在隐患
县级对乡镇的专项转移支付占比过高，乡镇能够自由支配的财力不足。这种先把财力集中到县级以上政府，再通过转移支付的方式下达到乡镇的做法本身就是一种效率损失。在这些转移支付项目资金中很多都有配套的要求，没有自主财力的乡镇政府只好采取“变通”的方式，通过变更项目设计、调整项目预算甚至挪用其他项目资金等方式达到配套要求。
为申请到专项资金，乡镇政府需要聘请中介机构来制作项目文本，派专人与上级审批部门沟通协调，甚至通过一些为个人服务的手段拉近与项目审批者的关系。这种管理方式既存在较大的隐患，也很难实现公共服务均等化的目标。一般性转移支付占比小，没有增长机制，乡镇政府可支配财力有限，无法满足逐年增长的人员成本、办事成本，因此不得不采取向县财政举债或相互借债、拖欠工程款等方式维持运行，寅吃卯粮的做法增加了基层财政运行风险，最终还是需要上级政府买单。
