第三次变革：家庭承包制与市场化
“乡政村治”治理体系的建立
农业合作化和集体化虽然解决了农业为工业化提供积累的制度保障问题，但是没有解决好“三农”本身的发展问题。1978年开始的农村改革，由于尊重农民的权利和利益而为农业的发展创造了巨大的动力。
原有农村集体生产经营被家庭经营所取代，使得建立在集体经营管理体制上的政权管理模式——人民公社体制丧失了“政社合一”的经济基础。随着乡镇政府取代公社，原有的生产大队和小队，也分别转变为村民委员会和村民小组，后者只拥有土地所有权、发包权和为政府收缴税赋的责任。
农业家庭经营的确定和“政社合一”的人民公社的解体，标志着高度组织化和行政化的乡村社会治理结构开始发生根本性的变化。原来被高度组织起来的农民逐步获得了自由支配自己劳动、生产资料和收益的自由，原有的乡村组织也逐渐松弛甚至弛废和有名无实。1982年通过的新修订的《宪法》明确规定，城市和农村按居民居住地区设立的居民委员会或者村民委员会是基层群众性自治组织，从而奠定了村民自治的法律基础。1987年11月，全国人大通过了《中华人民共和国村民委员会组织法（试行）》，对村民委员会的性质、地位、职责、产生方式、工作方式等作了具体明确的规定，正式确立了我国农村基层实行村民自治的法律地位。至此，我国农村基层形成了“乡政村治”的新的治理体制。
在1992年之前，由于乡镇政权成为一级财政，有收税的责任和支出的需要，因此对乡村基层的控制仍然很紧。而且当时国家的政策基本上不允许农民及其资本异地流动，提倡“离土不离乡，进厂不进城”，私营经济尚未真正获得合法地位，农民尚心有余悸，乡村社会的治理结构虽然呈现出原有组织松弛、原有基层干部权力缩水的现象，但仍然在发挥作用。由于限制农民的地域性流动，且农村原有精英仍然在原地，因此党的组织系统仍然比较完整，保持着乡党委（原来的公社）——村支部（原来的生产大队）——党小组（原来的生产小队）这个架构，并在乡村治理结构中处于核心地位，发挥着领导中枢的作用。
乡村社会治理再次陷入分裂状态
1992年初邓小平“南方谈话”后，中国加快了建立社会主义市场经济的步伐。随着城市粮油定量供应制度的取消，由“农民工”组成的“民工潮”开始成为整个90年代城乡关系的主要特点，也是中国经济转型过程中独有的现象。但是从1992年开始，市场化、工业化、城镇化的加快，以及城乡收入差距的扩大，不仅使农村的资源和资金流向城镇，也吸引数量众多的农民以经商、投资、打工等多种方式迁移向城镇。这种空前规模的农村青壮年人口流出，导致原有乡村社会组织更加衰落，无论“乡政”还是“村治”，都面临着缺乏精英问题，就像20世纪初政府废除科举和鼓励兴办实业后，乡村精英转向城市读书和就业一样。
可以看出，人民公社解体后形成的“乡政村治”社会治理方式，一方面重新划定了国家权力与社会权力、农村基层政府与村民自治组织的权力边界，从而为农村基层社会的自我组织和管理提供了一定的社会与政治空间，同时也为农民的经济自主和政治民主提供了基本制度与组织框架，使得农村基层政权与村民自治组织的关系已由原来的行政隶属关系逐渐转变为合作治理的关系。但是另一方面，从1985年实行乡级财政后，农村基层政府由于事权的增加特别是1994年实行分税制后地方财政的紧张，导致乡村基层政府和村民委员会的主要任务是收取各种名目的税费。这又反过来加剧了乡村基层政府与农民的矛盾，即所谓的“干群矛盾”。乡村社会治理再次陷入分裂状态。
