涉农腐败主体主要是基层政府和农村基层组织工作人员，其中，农村“两委”组成人员即村干部和乡镇站所工作人员占据较大比例。涉农腐败是发生在农民身边的腐败，近年来主要体现为侵吞农村集体资产和国家强农惠农资金等直接损害广大农民切身利益的行为。涉农腐败频发有村级权力运行的制约监督机制乏力、乡土道德秩序解体、（政府）资源配置监督机制缺位等多方面原因，须在完善村民自治制度这一基本政治制度基础上，强化对村级权力运行的制约和监督，构建起不敢腐、不能腐、不易腐的涉农腐败防治机制。
涉农腐败的社会危害
涉农腐败是影响农村社会稳定、社会发展与基层治理的突出问题。其危害主要体现在以下四个方面：
影响基层政权的稳定。涉农腐败分子虽多属“蚁贪”，但其腐败行为直接损害了农民的人身、财产、自由等基本权利，甚至直接威胁其生存条件，而腐败干部为遮蔽腐败行为往往采取各种手段打击迫害举报人与知情者，导致基层政治生态不断恶化，迫使农民群众不得不采取上访等不正常手段，进而激化、转移了社会矛盾，形成矛盾爆发的高危地带。一旦遭遇突发案件，就可能引发群体性事件，成为影响基层政权稳定的直接导火索，并可能造成整体政治秩序的紊乱。
阻遏资源有效配置，导致农村周期性衰败。涉农腐败的持久侵害，直接后果是基层资源出现无效性安排。国家的强农惠农政策，是对农村的反哺，是体现政策善意、执政党为民理念和中央及上级政府行政权威的重大举措，是促进农村现代化建设的系统工程。
由于基层干部的腐败行为，国家政策工程成为少部分人中饱私囊的工具，导致政策失效失灵，农村经济社会发展丧失有效支撑，社会治理秩序脆弱，农村发展环境恶化，进一步造成农民中的“能耐人”逃离农村。而农村资源的枯竭化、村民的脱离，又会加剧农村的贫困以及政治生态、农民生存条件和生活环境的整体恶化，进而反向激励进城农民对乡土社会的疏离、隔离与排斥。由此形成政府配置资源的低效化、进城农民的疏离化、本土村民的贫困化的恶性循环，使得农村衰败的周期化、长期化和严重化难以避免。
恶化农村道德秩序。基层干部以不当手段牟取私利、恣行特权、将个人利益凌驾于公共利益之上，将导致利益之剑斩断社会道德链条，利益侵夺取代道德契约，邪气压倒正气，固有的纯朴伦理、礼义廉耻最终让位于巧取豪夺的“流氓文化”，农村社会道德秩序因此遭到破坏。
阻碍政治文明发育。大众参与、公民文化的培育、制度建设的规范化和法治社会的生长，均是政治文明的重要表现，也是反哺良序公俗健康发育的支柱。腐败首先是政治权力的败坏、公权力的异化导致对社会资源侵蚀与私人权利的伤害，本质上是对政治文明发育与生长的阻碍、破坏，而政治文明的停滞就会使监控基层干部腐败的力度和效果大打折扣。
涉农腐败的生成机制
腐败的根源是权力失控，涉农腐败生成机制在于对村级权力无法进行有效制约，少数基层干部对乡村资源的垄断性控制成为可能，而能人政治的“人治文化与机制”也为乡土权力腐败提供了生存与成长空间，农村传统秩序的解体又使涉农腐败行为失去乡土熟人社会的道德约束。此外，国家资源供给增长而监管乏力则是涉农腐败多发高发的现实因由。
首先，村民自治组织涣散，权力制约机制乏力。村民自治制度是我国农村地区重要的政治制度，是农民实现自我管理、自我教育、自我服务以及各项民主权利的制度保障。村民自治制度包含村干部的村民民主选举、重大村务的村民民主决策、日常村务的村民民主参与管理、村委会运行的民主监督等制度，如果村民自治制度能得以有效运转，涉农腐败可以在根本上得到有效遏制。但是我国农村的政治现状是，一方面村民自治制度在运行，另一方面少数村干部垄断权力的“能人政治”、人治体制仍在发挥实际作用。少数能人不仅是致富典范，同时获得政治、经济资源集中等便利，能人被赋予以强人型管控权力，集权钱于一身，村党支部书记、村委会主任与村办企业老板身份混同，个人言行与基层政府政策相互捆绑。
“能人政治”的流行，带来的是基层自治组织的涣散、民主体制的失效，导致部分“腐败权力精英”以具有形式“合法性”的权力来裹挟民意，村委会凌驾于村民会议之上，村民会议、村民代表会议形同虚设，无法在制度层面形成对少数“能人”任性行为的限制、监督。
其次，资源供给增长显著，监督体系缺位。反哺农业、强农惠农、支农富农，不断加大新农村建设力度是国家基本政策，近年来国家对农村的政策性补贴使得农村的资源增量较为显著，尤其是征地拆迁补偿、新农村建设等“大补贴项目”。由于外来资金注入需要本地组织实施落地，村干部由此掌控了较多的社会资源，给涉农腐败提供了更多的生长空间与资金来源。
但在提供大笔资金的同时，来自上级政府的制度性监控体系并未有效跟进，乡镇一级基层政权组织作为村级权力运行制度化监管机制的效能日渐式微，作为监管主体的乡镇干部甚至与村干部结成利益同盟，对村民的举报控告等合法权利表达进行打击压制，助长了涉农腐败的可能性。
最后，乡土熟人秩序解体，道德秩序出现真空期。传统中国乡村社会的主要治理资源不是政府权力，而是乡里熟人社会的道德秩序。由于乡里乡亲的亲戚宗族联系盘根错节，熟人关系网络得以形成。熟人秩序因有家族亲缘、血缘、地缘，信任关系容易建立，并依亲谊构成赔付、借贷凭信，达到资源效用最大化，这在资源有限的乡村社会是最大的生活保障。这种生存秩序的存在，是对个人“失范”行为无形而又极具威慑力的防范机制。如果失去熟人信用，则会出现资源壁垒，无法从事正常的生活生产。