从制度和治理结构层面深刻认识和把握农民问题
涉农腐败是农村社会治理结构问题的重要表征之一。预防和根治涉农腐败，必须深刻认识和把握农民问题。如果缺乏对农民问题的理解和把握，就很难认清和解决涉农腐败。农民问题可以从以下两个基本层面去理解和把握：
一方面是从制度结构层面看，农民受制于两个基本的制度约束，一个是传统城乡二元体制的约束，另一个是传统集体所有制的约束。传统城乡二元体制是关于城乡关系的制度安排，其实质是取消农民的自由迁徙权，限制农民进城，将农民排斥出城市，从而剥夺农民的平等权利和自由选择的权利；传统集体所有制是关于农村财产的制度安排，其实质是废除农民的个人财产权，限制农民出村，将农民固定在农村，从而剥夺农民的财产权利。解决上述制度结构问题，需要深化改革，推进制度现代化。
另一方面是从治理结构层面看，农民面临两个基本的治理怪圈，一个怪圈是“委托代理异化”，凡是对老百姓有利的政策往往在基层得不到及时有效的贯彻落实，上有政策、下有对策的现象比较普遍；而对老百姓不利的政策往往在基层得到强有力的推行，一些“上面一针眼、下面斗大风”的现象比较普遍。另一个怪圈是“官治自治失衡”，越是乡村自治失效，就越是强化各级政府对乡村的官治，而越是强化官治，乡村的自治就越失灵。解决上述治理结构问题，同样需要深化改革，推进治理现代化。
涉农腐败：乡村政治生态的“雾霾”
进入21世纪以来，为解决日益严重的“三农”问题，国家坚持“多予、少取、放活”的方针，明显加大了强农、惠农、富农的政策力度。同时，随着城镇化的快速发展，农村集体土地快速增值，农村资金、资源、资产数额不断增大。但由于乡村治理体制机制建设既滞后于国家实行强农、惠农、富农政策的要求，又滞后于工业化、城镇化快速发展的形势，致使涉农腐败怵目惊心，“小官巨腐”频繁发生。
在被查处的“小官巨腐”案件中，北京海淀区西北旺镇皇后店村会计陈万寿挪用资金高达1.19亿元、延庆县旧县镇农村经济经营管理中心原主任袁学勤挪用公款2400万元、朝阳区孙河乡原党委书记纪海义在征地拆迁等建设中利用职务之便受贿9000万元等等。2015年1至9月北京市纪检监察机关立案1399件，其中查处“小官贪腐”329人。全国各地农村也大都存在“小官巨腐”问题。
当前比较突出的涉农腐败现象，从根本上说，暴露了国家和乡村治理结构存在严重缺陷，折射了乡村政治生态的“雾霾”。笔者在农村调研中曾多次遇到农民倾诉，说现在中央惠农政策好是好，可是农民没有真正享受到，中央给农民的钱，很多被一些乡村干部贪污了，与其这样，还不如国家干脆取消各种惠农政策，免得乡村干部中饱私囊。农民这些比较激动的心声，让人深思，发人深省。
涉农腐败侵蚀和消解国家治理目标和意愿
市场化改革以后，人的价值观念发生了错位，人性中贪财、自私、逐利的弱点得到了空前强化。习近平总书记曾在河北省阜平县龙泉关镇顾家台村调研时说：“我非常不满意，甚至愤怒的是扶贫款项被截流和挪作他用，和救灾款被挪用一样，那是犯罪行为。”2014年8月，湖南湘西自治州吉首市一名村干部因贪污公款被查后理直气壮地反问：“我当村干部不就是为了捞两个吗？这怎么还违法了？”可见，在乡村部分基层干部中“不义之财君莫取”的古训底线已经失守，不择手段牟取私利已公然大行其道。
要使国家好的公共政策得到及时有效的贯彻落实，避免“政令不出中南海”，的确需要推进治理体系和治理能力现代化。虽然地方基层政府都是国家的代理者，但地方基层政府都是自利型的“经济人”，有其自身的强烈利益诉求，面对中央的委托要求，他们往往在考量自身利益的基础上进行选择性执法，甚至徇私枉法。“上有政策、下有对策”恰恰出自于地方基层政府遵循自利型“经济人”的自我选择。官员代理人背离了民众委托人意愿，甚至抛弃委托人自立为王、自行其事，恰恰又是传统官僚体制难以摆脱的治理陷阱。在这种治理陷阱中，百姓与国家之间被层层官僚阻隔，最下层的百姓与最上层的国家之间缺乏制度化的直接联系，国家的治理目标和意愿往往被地方基层的官僚腐败侵蚀和消解。