光有好的水源是不够的，还需要保护好水源地的安全，不受污染。在南水北调工程建设之初，国务院南水北调办就明确提出了“先治污后通水，先环保后用水”的发展目标。之后，国务院发布文件，加强丹江口库区及上游水污染防治和水土保持，累计安排190亿元资金，将水源区43个县全部纳入规划，使污水处理厂实现全覆盖。
记者了解到，在核心水源区湖北省丹江口市，共关停“五小”企业100多家，关闭污染源120处，砍掉有污染的大小项目120多个；在渠首所在地河南淅川县，累计关停污染企业350家，否决大型项目40多个……
水在运送过程中的安全监管十分重要。在南水北调中线建管局河南分局的监控室，记者看到，河南境内的干渠以漳河划为南北渠段，各个渡槽、节制闸、分水闸等的水位、流量都在大屏幕上的实时监控之中。河南分局副局长王江涛告诉记者，目前河南分局已经形成月度固定端面水质监测、自动水质监测站自动监测、水质实验室补充比对监测水质监测体系，以保证水质的安全可靠。
天津分局设立了1个水质实验室、2个水质自动监测站和4个水质监测断面，通过实验室监测、自动监测和人工巡查相结合的办法对天津段输水水质实施监测。
北京市南水北调办主任孙国升告诉记者，南水进京要经过三道防线：第一道是北拒马河节制闸，用发光菌检测污染物；第二道是永定河进口闸，用一种对水体敏感的鱼监测水质；第三道是自来水厂，一旦发生突发事件将迅速反应。
水价——在可承受的范围内
通水之前，社会上对于“南水”的成本及价格问题十分关注。记者在北京、河南等地采访时了解到，由于主干渠刚通水一年，部分地区配套工程仍在建设中，用水情况不一，目前很多受水区的水价还未变化，但上调是总体趋势。
从各地情况看，目前，许昌市取水价格为0.74元每立方米，比以前略高，居民用水价格还暂时未进行调整。
郑州市于2016年1月1日起实施新水价方案，居民生活用水水价从原来的2.4元每立方米上调为3.90元每立方米（第一阶梯水价）。
在北京市，自2014年5月1日起执行阶梯水价，目前第一阶梯水价为5元每立方米，南水进京后尚未进一步调整。家住北京市郭公庄幸福家园小区的居民王艳香表示，政府投入这么大的资金、人力物力，为咱老百姓送来优质的水资源，水价适当上涨可以接受。
