针对未来水价将作何调整，国务院南水北调办有关负责人表示，南水北调工程投资大，调水线路长，调水成本高于受水区当地水资源的成本是必然的。但是公众不用担心水价会出现大幅上涨的现象，这主要基于以下几个原因：
一是南水北调主体工程水价是按“保本、还贷、微利”原则确定，由工程供水成本、利润和税金构成，虽然总成本高，但调水量大，单位成本并不是很高。
二是受水区用户终端水价是由受水区多水源的综合成本（含南水北调水价）、自来水厂加工和运营成本、污水处理费、水资源费等多因素构成，南水北调水价仅是水源成本的一部分，直接影响程度较低。
三是在制定南水北调水价时，将充分考虑受水区当前的实际情况，目前还未按水资源的稀缺程度确定水价。据测算，受水区按最终用水价支付的用水费用，占居民消费总支出比重不会超过2%，仍然在居民可承受能力范围之内。
水量——尚不能完全解决缺水现状
通水一年来，南水北调中线一期工程累计分水水量21.7亿立方米，其中向北京输水8.22亿立方米，天津3.73亿立方米，河北1.25亿立方米，河南8.47亿立方米。4个省市沿线约3800万人直接受益。
南水北调中线建管局总调中心负责人表示，工程通水后沿线水资源紧张态势有所缓解，一些地区水质明显得到改善，通水效益逐渐显现，但用水缺口依然存在。
孙国升算了一笔账，北京市每年需求水量约为36亿吨，自然降水20亿吨，有16亿吨的缺口，而南水指标只有10亿吨，这意味着还有将近6亿吨的水没有着落。
由此可见，北京的供水问题仍不容乐观。北京市南水北调办一位工作人员的话十分直白：“以前水资源短缺情况严重，怀柔水库处于无水状态，密云水库44亿立方米的库容量最少的时候只剩下约6亿立方米。为维持北京市庞大的供水需求，只能使劲开采地下水。现在南水来了，对缓解北京供水压力起到很大帮助，但是还无法根本解决缺水问题，所以还需要适量开采地下水。我们未来的目标是慢慢用南水回填怀柔和密云水库，将来如果有可能，再回补地下水。”
据了解，一年来，尽管北京人均水资源量已由原来的100立方米提升到150立方米，但仍远低于国际公认的人均1000立方米的缺水警戒线。天津的情况和北京类似。天津市南水北调办总工程师赵考生说，引江通水后一段时期，天津城市生产生活用水有所改观，但农业和生产用水依然缺乏。
既然水量还不够，那该怎么办？孙国升认为，一方面应构建多元化的外调水保障体系。另一方面，要提高水资源的利用率，节约每一滴水。
