重要发现：
·根据VIKOR法进行排序的结果，江苏创新系统治理能力得分最接近理想值，排序第一；西藏创新系统治理能力接近负理想值，排序在尾端。因子分析法测算出的创新治理能力得分结果显示，综合得分为正的区域有10个，得分为负的区域有21个，说明这些区域创新系统治理能力低于全国平均值。
·VIKOR法和因子分析法两种方法得出的结论具有较强的一致性，13个区域的排序一致，包括排名前三和排名末六位的区域；两种方法测算出来的评价结果具有较强的稳定性，评价得出的结论具有较强的可信度。
·我国区域创新系统治理能力总体较弱，大多数区域创新系统治理能力低于平均值，较为靠近负理想值；区域创新系统治理能力与经济发展水平具有较强的正向关联性。
·区域创新系统治理能力的两级分化较为严重，存在发展上的不平衡，少量区域创新系统治理能力遥遥领先，处于平均水平以下的区域创新系统治理能力得分较为接近，创新系统治理能力较低。
党的十八届三中全会提出了将“完善和发展中国特色社会主义制度，推进国家治理体系和治理能力现代化”作为全面深化改革的总目标，这是我党首次提出“国家治理体系”和“国家治理能力”的概念。国家治理体系的构建和规范有序的治理行为体现了国家的工具理性，治理体系和治理能力是一个有机整体，建立健全完善的国家治理体系，才能提高国家治理能力；提高了国家治理能力，可以有效发挥治理体系的整体功能。国家治理体系的构建是一个系统化工程，可以分为若干子治理系统和层级上的区域治理体系。区域治理体系是国家治理体系的重要组成部分，创新系统治理是国家治理体系在具体领域的应用和体现。故此，研究区域创新系统治理体系的建设和治理能力的评价一方面可以为实现国家治理体系和治理能力现代化目标提供实践经验，丰富其内容；另一方面也可以为区域创新系统的建设和治理能力的增强提供决策参考。
目前，在学界研究创新体系的治理多以规范性分析为主，集中在创新体系的构建、路径选择、模式等国外经验借鉴和对策思考，关于区域创新系统治理能力的实证评价尚属学界空白点。本文立足公共治理理论的基础，借鉴已有学者的研究成果，科学构建了区域创新系统治理能力的评价指标体系，利用VIKOR法、因子分析法、聚类分析法等对区域创新系统治理能力进行了组合评价，研究了区域创新系统治理能力的差异性，提出了发展建议。