区域创新体系的治理理论
区域创新系统是一个由主体要素和非主体要素组成的复杂系统，包括政府、企业、大学、科研机构、中介机构和金融机构等主体要素，以及其他社会支撑系统、外部资源和环境等非主体要素。这些要素通过各种正式或非正式的方式建立区域内外的广泛交流与合作，围绕区域发展战略目标组成推动创新的网络系统。区域创新系统的治理理论在区域创新体系的运用，同样强调多元参与和民主协商。政府是创新政策体系的构建者和实施者，提供创新服务和市场纠偏；高校和科研机构是创新体系的重要组成部分，承担知识创新、人才培养等职责；企业是创新体系内的核心力量，是创新成果运用和生产力提升的关键；中介机构、金融机构是各种创新资源汇聚的融合剂和创新应用的催化剂，促使科技创新资源的加速融合和创新成果的形成。
全球治理委员对治理的定义如下：“治理是或公或私的个人和机构经营管理相同事务的诸多方式的总和。它是使相互冲突或不同的利益得以调和并且采取联合行动的持续的过程。”治理具有两方面的特征： 一是治理主体的多元化，既涉及公共部门，也包括私人部门；二是治理机制的包容性，既包括正式的制度化机制，也包括各种非正式机制。关于区域创新体系的治理理论，主要有以下几种：
多元理论
区域科技创新系统是由各种创新主体要素以及外部资源、环境等非主体要素共同组成的。创新系统强调的是多元主体的并行治理，通过充分发挥系统中各种创新要素间的合理分工与协作，实现系统整体高效运行，区域科技创新能力显著增强。在区域创新系统治理能力中应该体现出多元主体的投入、产出等指标。
创新系统协同理论
区域创新系统是一个整合了多个创新主体的复杂的系统，各创新主体通过多种形式的协同作用，形成创新网络，促使知识和技术的外溢与扩散，降低或规避创新风险、减少创新成本、提高创新效益，实现系统的整体功效。区域创新系统治理能力的评价体系中应该有政府、高校、科研机构和企业相互支持的指标。
社会成本理论
在整个社会的运行中，法律法规规范了各社会群体生产生活中的正式关系。当前诸多的自组织等治理体系还创造出相当比例的现行规则，这些规则就是非正式关系。这种非正式关系就是社会资本。在创新体系中，该非正式网络关系就是创新主体的社会资本存量，它是创新主体之间的交流、合作的前提。创新系统评价指标体系中需要有反映创新系统的发展环境和支撑基础等指标。
扩散理论
创新扩散理论是指创新系统内的各种创新资源通过创新主体间的联系、沟通与合作不断与外界发生着物质、能量和信息交换，使得系统朝着有序化的方向发展，最大限度地提高创新系统的整体效率。区域创新系统与外界的交流有信息流、物质流、金融流等，需要用反映创新系统对经济社会的影响等指标来体现。
区域创新系统治理能力的评价指标体系构建
区域创新系统的治理能力是指区域创新主体整合、协调各种创新资源，促使形成创新成果，推进创新成果应用的能力以及创新主体与外界的交流、合作和影响力。根据区域创新系统治理理论和治理能力的内涵，依据系统性、科学性、现实性和可操作性等原则，构建了区域创新系统治理能力的评价指标体系，包括多元投入能力、创新扩散能力、发展支撑能力和系统协同能力。多元投入能力是创新系统治理能力的基础，创新扩散能力是创新治理能力的成果体现，发展支撑能力是创新治理能力的载体支撑，系统协同能力是创新系统治理能力的内部动力。区域创新系统治理能力评价指标体系构建如表1所示。
