党内法规与国家法律规定不衔接。由于党的地位特殊，党内法规与国家法律应当在执政权力运行程序与国家权力运行程序、党纪责任与法律责任等方面实现双向衔接，使党的行为特别是执政行为有连贯的“法”依据，然而现实尚有差距。
其一，党内法规与国家法律的有关规定衔接不足。除宪法外，在全国人大及其常委会制定的法律中，诸多公法和甚至私法性质的法律都含有坚持或拥护中国共产党的领导，许可在军队、公司、基层自治组织等特定组织中设立中共党组织等规定，对党领导立法、武装力量、干部、民族区域自治和村民自治、工会、国家安全、高等教育等方面的工作作出原则性规定⑪。从规范意义而言，这些规定是对“党的领导”这一政治原则的法律确认，也是法律授权。党的领导如何具体实施，国家法律不宜作具体规定，需要党内进行领导体制、机制和方式上的具体制度安排，这就需要党内法规来加以具体化、细致化。但是，目前除了如《党政领导干部选拔任用工作条例》《中国共产党农村基层组织工作条例》等党内法规与国家机构组织法和《公务员法》《村民委员会组织法》等法律部分衔接外，党内多以零散的规范性文件或会议决定对法律规定加以具体化，许多领域还存在空白，未能与国家法律相衔接。
其二，国家法律对党内法规的承接不够。严格而言，党内法规效力只应及于党组织和党员，对党组织和党员以外的国家机关、社会组织和公民，应当以法律法规、组织章程和规则等予以规范。《党政领导干部选拔任用工作条例》规定，选拔任用参照公务员法管理的县级以上党委和政府直属事业单位和工青妇等人民团体及其内设机构领导成员，以及机关、单位选拔任用非中共党员领导干部、处级以上非领导职务的干部，参照该条例执行。《党政机关厉行节约反对浪费条例》除了适用于党的机关外，也适用于人大机关、行政机关、政协机关、审判机关、检察机关，以及工青妇等人民团体和参照公务员法管理的事业单位。尽管这些党内法规体现党管干部等重要原则，将规范对象延伸至党外，但从法治高度考量，涉及党外的公权力机关、团体和人员等事项，应当由国家法律等规范予以调整。从现实可操作性考虑，可先以党的规范性文件而非党内法规的形式提出要求，有关机关或团体党组发挥领导核心作用，按照特定程序在国家法律、组织章程、规则办法等规范中对党的要求加以“吸收转化”，落实“党组发挥领导核心作用与支持依法依章程履行职责相统一”的原则⑫，或者先以党内法规在党内试行，时机成熟后再依程序制定为国家法律，如此以法治思维和法治方式坚持和贯彻了党的领导。
党内法规与国家法律规定不一致。党必须在宪法和法律的范围内活动，因而党内法规不得与宪法和法律不一致。在实践中，二者不一致的情形仍然存在，个别情形还较为复杂。例如，《中国共产党纪律检查机关案件检查工作条例》（1994年5月施行，以下称《案件检查工作条例》）第28条第7项规定，调查组“经县级以上（含县级）纪检机关负责人批准，可以对被调查对象在银行或其他金融机构的存款进行查核，并可以通知银行或其他金融机构暂停支付”“有关组织和个人必须如实提供证据，不得拒绝和阻挠”。其后生效的《商业银行法》（1995年7月施行）第29条和第30条则明确规定，除非法律另有规定，对于个人储蓄存款，仅有法律规定的单位或个人可以查询、冻结、扣划；对于单位存款，仅有法律和行政法规规定的单位或个人可以查询，仅有法律规定的单位或个人可以冻结、扣划，否则商业银行有权予以拒绝。然而，《案件检查工作条例》所指“查核”和“暂停支付”实际上无异于“查询”和“冻结”⑬。同时，依据《行政监察法》（1997年5月施行）等法律法规，党的纪检机关无权查询、冻结、扣划个人或单位存款，与其合署办公的行政监察机关也仅有权查询个人或单位存款，在必要时“可以提请人民法院采取保全措施，依法冻结涉嫌人员在银行或者其他金融机构的存款”，亦即无权径直予以冻结、扣划。然而，《关于〈案件检查工作条例〉第二十八条第七项的解释答复》（中纪法复〔1995〕第1号）、《案件检查工作条例实施细则》（1994年5月施行）第32条所指的查核和暂停支付依据的“中央纪委、中国人民银行关于纪检机关查询和暂停支付被调查对象存款有关规定”⑭，实际上也已经被《商业银行法》和《行政监察法》等法律法规的规定改变。至1998年10月，最高人民法院、监察部印发了《关于执行〈中华人民共和国行政监察法〉第二十一条若干问题的规定》（监发〔1998〕30号），1999年12月中央纪委办公厅、监察部办公厅印发《关于查办案件中需查询或者冻结被调查对象存款时应以监察机关名义使用监察文书的通知》（中纪办发〔1999〕17号），指出“根据纪检、监察机关合署办公、行使两种职能的实际”，各级纪检监察机关今后在办案中确实需要到银行或者其他金融机构查询存款或者冻结存款时，均应以监察机关名义使用监察文书，并应按规定履行审批程序。然而，直至2004年3月中央纪委监察部才发文（中纪发〔2004〕9号）决定，中纪法复〔1995〕第1号文件因“主要内容已经被新的规定替代”予以废止。
至此，这一系列规范冲突才看似得以“解决”，但问题依然存在：其一，同一主体制定的党内法规与规范性文件，前者效力高于后者，即便其后以党内规范性文件的形式作出了符合相关法律的规定，其效力也不足以改变《案件检查工作条例》第28条第7项的规定。其二，即便援引《制定条例》“同一机关制定的党内法规，旧的规定与新的规定不一致的，适用新的规定”，以及“党内法规的解释同党内法规具有同等效力”等规定，但现行有效的上述“规定”和“通知”等规范性文件也并不属于“解释”和“答复”等党内法规解释的范畴。因此，从规范意义而言，第28条第7项的规定实际未被改变，仍然存在党内法规效力。尽管上述情形因纪检监察部门办案的实际需要等因素而有其现实合理性，且因历史原因使情况复杂而不易厘清，但从法治建设的大局着眼，亟需理顺党内相关法规制度，消除党内法规和国家法律不一致的情形。
可见，党内法规与国家法律之间仍然存在着诸多不协调、不衔接和不一致的情形，亟需予以妥善处理。实际上，中央领导在2006年就注意到了此方面的问题，曾要求“既重视党内法规制度的建立健全又注意与国家法律法规的协调配合，使各项法规制度彼此衔接、环环相扣，真正发挥法规制度的整体合力”。对此，应当在建设中国特色社会主义法治体系过程中加以注意，及早谋篇布局。
