还暴露了影响因子规则存在的另一漏洞：两栖刊物栏目繁多（比如《自然》目前就有十八个），而各刊物对栏目的命名并不统一，除了“综述评论”和“论文”之外，ISI对刊物其余栏目是否归属“引用项”，界定并不明确。
《自然》和《科学》杂志就都有这种情况，加菲尔德在早年文章中，曾专门指明，除“评论”之外，《自然》归为“引用项”的栏目是“论文”和“通信”，《科学》归为“引用项”的栏目是除“评论”之外的“论文”和“报告”（report）。而对《科学》上的常设栏目“通信”不算为“引用项”的做法，加菲尔德的解释是：“不可将《科学》的‘通信’混同《自然》的‘通信’，因为后者相当于《科学》上的‘报告’。”
按实际发表内容而不仅凭名称来决定栏目归属，虽合乎情理，但问题在于，由于人力的限制，ISI很难仔细甄别所有两栖刊物的每一期、每一栏目，这就为刊物提升影响因子留下了操作空间。
二〇〇六年，美国《公共科学图书馆医学杂志》（PLOS Medicine）在题为《影响因子游戏》（The Impact Factor Game）的文章中披露，杂志二〇〇五年首次被SCI收录的时候，他们曾通过邮件、电话、面谈等方式展开说服工作，试图让其时已归属汤森路透旗下的ISI少算分母项，而类似做法在行内已是公开秘密，“编辑们都试图说服汤森路透减少杂志的分母数，而公司拒绝把挑选‘引用项’的过程公之于众”。几番接触下来，他们意识到，除原创论文之外，汤森路透公司对余下哪些文本应该归入“引用项”，完全含糊其辞。《公共科学图书馆医学杂志》的情形是，分母项如果只包括原创论文，影响影子将达到11，如果将所有文本全部包括在内，影响影子将直降为3。从最终结果来看，杂志的这番讨价还价似乎产生了效果，二〇〇五年它的影响因子是8。
照这样看，为了影响因子计算公式的分母数值大小，和汤森路透讨价还价的事是经常发生的。计算公式虽然年年在JCR报告上公开表述，但具体到某本杂志，其中的分母数值到底怎么计算，却大有上下其手的空间，而汤森路透是不会将计算过程公之于众的。
果如《公共科学图书馆医学杂志》所言，期刊和汤森路透公司之间“讨价还价”的做法已如此普遍，公司又坚持黑箱操作，则其间是否存在“权力寻租”性质的问题，很难不引人遐想。比如，我们可不可以进一步设想，作为一家精明的商业公司，这样的规则漏洞有没有可能是“科学情报研究所”最初有意留下的呢？
