中央《关于深化国有企业改革的指导意见》和《关于在深化国有企业改革中坚持党的领导加强党的建设的若干意见》，既充分肯定了国有企业对党和国家的重要意义和取得的突出成就，又指出了国有企业存在的突出矛盾和问题，并为深化国企改革和加强党的建设做出了顶层设计。如何将这些顶层设计转化成现代国有企业（指实行《公司法》且国家具有控制股权的企业）具体可操作的微观运行模式，还需要对现代国有企业存在的问题尤其是在完善公司治理和发挥党组织作用方面的问题进行深入分析，提出解决问题的创新思路，并探索性地设计现代国有企业党组织在公司治理中发挥作用的运行模式。
本文探索性地设计了中国特色现代国有企业党组织在公司治理中发挥作用的运行模式；系统和具体地规范了法人治理结构的实施和党组织发挥作用的方式，并按企业两种不同类型，分别设计了党组织发挥政治核心作用和发挥领导核心作用的职责定位和工作途径。设计模式基本体现了党组织发挥作用组织化、制度化、具体化的要求，具有可操作性。
存在的问题及分析
自《公司法》出台以来，许多国有企业在实行现代企业制度的过程中，努力探索着党组织发挥作用的途径和方式，有一些值得总结的经验和做法。但就整体情况看，在党委发挥作用与公司法人治理结构之间仍然没有探索出一个科学有效的有机结合点。其难点在于既有党委在其中发挥作用的定位和途径问题，又有法人治理结构本身运行不到位的问题。而法人治理结构是通过立法确立的现代企业领导体制，是党管理现代企业所选择的一种方式。要体现党对现代国有企业的领导，保证党和人民的意志即国有股东意志得到实现，首先要使法人治理结构实施到位，这是完善公司治理的核心，也是企业党组织在现代国有企业中发挥作用的基础。所以要分析和解决企业党组织发挥作用的问题，首先要分析和解决法人治理结构运行存在的问题。
公司法人治理结构的运行没有到位
现代国有企业按《公司法》实行了公司法人治理结构的领导体制。法人治理结构就是在企业设立股东会、董事会、监事会和经理层，并明确各自的权责，即股东会的出资者所有权、董事会的决策权、监事会的监督权、经理层的执行权。通过股东会选择和管理董事会、监事会，董事会选择和管理经理层，经理层行使企业内部用人权和管理权，监事会监督董事会和经理层这样的制度安排，在企业形成权力机构、决策机构、监督机构和执行层之间既相互制衡又相互协调的权力运行机制。但在实际中这种机制并未运行到位，主要问题是：股东管理越位和缺位；董事会及董事履职不到位；经理层权责不对等，管理错位；监事会独立性不够，不能有效对董事会、经理层进行监督。
股东管理越位和缺位
股东管理越位主要表现在将应由董事会决策的事项收回到具有控制股权的国有股东代表单位（以下简称国有股东单位）去管理，这样会造成一些问题。一是不符合现代企业公司治理的各负其责、权责对等原则；二是决策效率降低，不能适应市场快速变化对决策的高效需求；三是由于国有股东单位比董事会离市场和客户更远，所以决策不一定科学有效。
股东管理缺位主要表现在两个方面，一是国有股东单位在履行股东职责时，由于对其派出参加股东会的股东代表管理不规范，容易造成股东决策意志未被正确表达的弊端。二是股东的监管不到位。主要表现在公司股东会议闭会期间，国有股东单位与公司董事会、监事会在沟通联系上没有形成规范的机制，股东监管容易出现缺位。由于国有股东单位的股东代表管理机构和制度不健全，造成国有股东单位向公司董事会、监事会了解情况或公司董事会、监事会向国有股东单位汇报情况的渠道不规范不畅通，以至对董事会、监事会及其成员的监管和考核缺位。
股东管理越位和缺位的深层原因是国有股东单位的股东意识和股东责任没有到位。国有股东单位还习惯于用计划体制下的行政指令方式管理企业，没有转换成用市场体制下的公司治理方式管理企业，还没有真正形成个人投资那样的股东意识和股东责任，对受托管理的国有资产保值增值、盈亏损益没有如同个人股东的关切度和责任感。国有股东所特有的意识和责任尚未充分形成政治优势。
董事会及董事履职不到位
主要表现为：一是部分董事决策行为主体的责任感缺乏，参与董事会决策的主动性不强，对自己的一票表决权没有真正独立行使。其原因是许多董事来自国有股东单位，而非职业董事，他们在参与决策时，往往按国有股东单位意见表决（这不是公司治理的原意），而没有作为决策行为主体去独立分析判断并行使表决权，仅仅完成一个程序，且可以不用真正承担表决责任。这样构成的董事会在集体研究决策事项时很难独立充分发表意见，决策的科学性难以保证。二是董事会缺乏决策咨询论证、决策评价和纠错问责机制。这里的原因除了上述董事不独立不尽责的关键因素外，董事不职业且没有足够的履职时间和精力也是重要因素。董事会下设各专门委员会全部由董事组成，这些董事没有对公司内部外部进行深入充分的调研和论证，很难及时形成对董事会决策有咨询价值的报告。至于对自身决策的评价和究错问责，董事会由于决策不独立而难以实行。三是董事会兼职化普遍，兼职的董事长也没有足够的时间和精力履行职务，董事会工作开展不正常，董事兼职还可能影响董事会的独立性甚至监事会的独立性。
经理层权责不对等，管理错位
一是经理层行权错位。公司治理要求董事会负责决策，经理层负责执行，但由于董事会运作不到位，会造成经理层越权决策，并容易导致内部人控制。二是董事长与总经理在权责界定上有时不清，容易产生行权错位。
监事会不独立、监督不到位
监事会之所以没有发挥应有作用，不能有效地对董事会、经理层进行监督，主要原因是其在公司中的独立性不够。按公司法人治理结构的要求，监事会与董事会一样是由股东会决定的，只对股东会负责。但实际上许多现代国有企业的董事会成员与监事会成员之间，或在国有股东单位具有上下级关系，或在同一党委中具有上下级关系，这自然会使监事会与董事会之间产生被动关联，从而造成了监事会与董事会之间的不独立。在监事会与经理层之间，由于监事会成员许多是由公司内部人员组成的，其待遇等利益关系都在本公司并由经理层决定，这会使监事会与经理层之间产生利益关联，从而造成了监事会与经理层之间的不独立。而恰恰需要与监事会保持联系的股东代表却与监事会“独立”了。由于监事会的不独立造成其虚设弱化、股东责任感降低、工作主动性下降、不敢监督不愿监督，甚至与被监督者“融为一体”、严重失职。
现代国有企业党组织在法人治理结构中的职责定位不清
目前企业党组织在法人治理结构中没有直接的职责定位，在实际中通常采用“双向进入、交叉任职”的方式参与企业决策，间接发挥作用，但发挥什么作用、如何发挥作用（通过组织行为还是个人行为）没有具体明确。比如是要通过这种方式控制董事会，达到实际决策的目的；还是仅通过此方式表达党组织的意见，供董事会参考；或是对董事会成员、经理层人员有政治素质上的特殊要求；又或是想通过此方式对企业进行监督；等等，并没有可行操作的具体规定。这样就使企业党组织感觉自己的作用定位不清，角色尴尬，进入法人治理结构的党组织成员不知如何具体履行党组织职责。
党组织在现代国有企业中的作用是什么？《党章》规定：国有企业中党的基层组织“发挥政治核心作用，围绕企业生产经营开展工作。保证监督党和国家的方针、政策在本企业的贯彻执行；支持股东会、董事会、监事会和经理（厂长）依法行使职权；全心全意依靠职工群众，支持职工代表大会开展工作；参与企业重大问题的决策；加强党组织的自身建设，领导思想政治工作、精神文明建设和工会、共青团等群众组织”。《公司法》规定：“在公司中，根据中国共产党章程的规定，设立中国共产党的组织，开展党的活动。”根据上述规定，企业基层党组织发挥政治核心作用，主要是对企业治理的监督保障和对企业文化的政治引领，而不是经营决策作用，参与重大决策主要是发挥监督把关作用。
如果要求党委在“三重一大”问题上进行集体决策并通过组织行为实现，这在“双向进入、交叉任职”的领导体制中并未明确规定，而实际中党委班子的配备不一定满足相应能力要求，并且交叉任职的安排也不一定达到完成组织行为的条件，因此，不能保证党委意图的实现。
如果仅要求通过进入董事会、经理层的党委成员表达党委提供给董事会、经理层参考的集体意见，而党委成员在董事会、经理层进行决策时可按自己意见独立表决，只承担个人行为和责任，此时党委参与决策的终极目标不明确，作用可能缺位、弱化。
如果对进入董事会的成员及经理层的人员有政治素质上的特殊要求，那么在企业国际化、市场化程度越来越高，人才竞争激烈的环境下，“双向进入、交叉任职”将难于实现。因为现代国有企业在选择董事会成员和经理层人员时，已越来越多地采用国际国内市场化配置方式来聘用经营型人才，而这些人当中许多不是党员，无法进入党委。
如果党委通过“双向进入、交叉任职”的方式对企业进行监督，那么进入董事会、经理层的党委成员就会出现职务不相容、不独立问题，即自己监督自己，党委的监督意见缺乏独立性。而进入监事会的党委成员由于与进入董事会、经理层的党委成员之间可能存在上下级关系，造成监事会不独立，影响党委或纪委通过监事会发挥监督作用。
实际上，在许多现代国有企业中，党委发挥作用的方式更多是采取党政联席会（即领导班子会）参与决策。会议成员由属于领导班子成员的董事、监事、经理层人员、党委成员组成。决策办法形式上为集体讨论和表决。显然，这与法人治理结构的设计和作用是冲突的，同时不符合党委会的会议规则，也体现不出党委的独特作用。
以上分析表明，要充分发挥现代国有企业党组织在治理结构中的作用，首先要明确其具体的职责定位，然后才能科学选择作用途径和方式。职责定位应根据党对企业在不同时期、不同条件下的要求确定。