功能定位不清晰
改革开放以来，我国城镇化采取的战略一直是“限制大城市鼓励小城镇”，尤其是1998年十五届三中全会提出了“小城镇、大战略”的发展方向，积极推动了小城镇的发展。但在实际发展建设中，小城镇的经济、人口和产业集聚力一直不如大城市，“政策引导”与“实际运行”之间存在差别。那么对于小城镇在中国的功能和作用空间，应该怎样认识呢？人们对于中国小城镇主要有三种战略定位，一是过渡论，二是非农人口蓄水池，三是中国特色城镇化道路体现者。
但是这几种战略定位，都没有抓住小城镇在中国的特殊战略功能。一方面，忽视了小城镇与农村之间的天然关系。传统的城镇化战略对小城镇的战略定位均是站在城市的角度进行的，将小城镇纳入整个城镇化战略之中，没有重视甚至是忽略了小城镇与三农之间的天然联系，不利于小城镇的可持续发展和现代农业的健康发展。另一方面，没有认识到小城镇在城乡互动中的纽带作用。城市通过小城镇辐射农村，农村通过小城镇接触城市文明，小城镇的发展不仅是为了转变为城市，也不仅单纯是为了吸纳农村人口，而应是城乡统筹协调发展的战略纽带（李圣军，2016）。
相关规划政策有冲突
中国具有全面指导空间开发功能的规划主要包括国民经济与社会发展规划、城乡规划和土地规划，但是在当前小城镇建设过程中，这三类规划之间存在很多矛盾冲突，对推进新型小城镇建设造成了很多困扰。这些困扰主要有：
规划的时间期限不一致。住房和城乡建设部颁布的《村镇规划编制办法（试行）》第24条规定，村镇建设规划的期限一般为10年至20年；而《土地管理法》第17条规定，土地利用总体规划的规划期限由国务院规定，目前执行的是15年的期限。
工作底图不衔接。建制镇的土地利用总体规划是以全域行政范围为规划范围，而镇规划的范围则是建设用地以及因发展需要实行规划控制的区域，主要是镇区规划，一般小于全镇域。
用地分类不衔接。镇规划执行《城市用地分类与规划建设用地标准（GB50137－2011）》，而土地利用总体规划执行《土地利用现状分类（GB/T 21010－2007）》，具体分类标准的不同会造成土地规划和城乡规划对同一地块赋予不同的功能，这种现象在小城镇建设实践中比比皆是（冯长春等，2016）。
行政级别不平等
中国目前在各级城市和城镇之间根据行政级别的高低形成了上下等级关系，这种行政地位的不平等导致不同等级的城镇在项目、资金、建设用地指标等资源分配及公共服务配置方面不均衡，使得行政等级越高的城市能够获得数量更多和质量更优的资源与公共服务，而低等级的小城镇不仅缺乏调配公共资源的能力和吸引流动人口的能力，而且难以形成可持续财政的能力，其进一步发展的空间也将被剥夺或受到遏制（石忆邵，2015）。
这种等级关系使得中国的城市和城镇体系出现“膨胀的大城市—收缩的中小城市—虚弱的小城镇”的层级断裂，较低的行政层级是小城镇的天然劣势，使小城镇的发展面临很多制度上的瓶颈（张颖等，2016）。在中国的行政体制中，小城镇被划入农村系统，处于城镇体系的底端。在“条块分割”的乡镇行政管理体制中，开发、审批等权力集中于县市主管部门，小城镇很难通过自下而上的途径获取发展要素（陈川等，2016）。
