申泮文特别重视“基础”和“传统”，他说，西南联大和南开在中国教育史上的重要意义，就在于树立了真正的大学精神，并确立了很好的人才培养模式。“老教授、名教授坚持给本科生上课，这种情况在国际知名大学其实比较普遍，只是国内越来越稀有，这是不正常的！”在他看来，名教授上课，不仅是一种形式，更是传达一种气质，一种渗入骨髓的对真理的思辨与追求，能对青年学生产生巨大的影响。“我希望南开能够保持这个传统，全国的大学也都能一起把它发扬光大。”
1980年，从山西大学回到南开大学担任无机化学教研室主任的申泮文，面对人才短缺的情况，提出“培养高层次人才，应该立足于国内”的主张。他以建设无机化学重点学科为目标，制定了3个“五年计划”：以“传、帮、带”的形式，在第一个5年培养出一批副教授，第二个5年培养一批教授，第三个5年之内培养出一批年富力强的博士生导师。他倡导并恢复了助教制度：聘请品学兼优、责任心强的本科毕业生担任助教，专职助课、辅导、批改作业和实验报告，毕业后培养他们在职直接攻博，这样既提高了本科教学质量，同时也发现、培养了一大批优秀教学人才。他的这一培养教师的模式于1989年获得优秀教学成果奖。
此外，申泮文还安排开展了无机合成、配位化学、生物无机化学3个方向的科研工作，开设了一整套质量较高的研究生学位课程，为教师成长创造了良好的条件和环境。到1996年，南开大学无机化学学科脱颖而出，培养出教授19人、副教授17人、博士生导师7人，拥有在学博士、硕士50多位；建立起了新能源材料化学和应用化学两个研究所，承担“863计划”和“973计划”的多个研究项目，共取得国内外专利30项。
2008年，申泮文带领的南开大学无机化学创新教学团队，入选教育部、财政部批准的我国首批国家级教学团队，成为化学教学领域的国家队。如今他的团队中有院士，有长江学者，还有国家级教学名师，先后获得3项国家级教学成果一等奖。
面对高校中渐盛的“重科研轻教学”风气，申泮文如鲠在喉，经常在各种场合呼吁：“教师要在教学改革上多用力。”
人生的最后几年，申泮文最关注的还是教学改革，他最后承担的项目课题是关于“化学学科教育教学体系的改革”。即使躺在病床上，他依旧不断向前来探望的学校领导、同事和学生询问教学改革的进展。
申泮文曾经这样阐述他对化学这门古老学科的理解：“没有一门科学能像化学这样创造出新的物质，因此化学是一门创造新世界的科学。”申泮文教授在讲课或演讲中，经常与同学们互动，有问必答，有惑必解。他说：“我不喜欢那种鸦雀无声的课堂。因为只有在思想的碰撞中，才能溅出创新的火花！”
在人们眼中，申泮文一直是一个不保守、喜欢“赶时髦”的人。他80岁开始学电脑，90岁时在网上开通博客，成为我国年龄最大的网络写手。申泮文把博客当成“延伸出去的黑板”，学生们既是他的弟子，也是他的“粉丝”。2015年9月10日，正值我国第31个教师节，南开大学为申泮文举行了一场特别的“生日会”，家人、朋友、同事、学生以及学校代表纷纷从全国各地赶来为先生祝寿。
由于身体原因，申泮文未能来到大会现场，他通过视频向到场嘉宾表示感谢。他略微得意地说：“眼下，联合国教科文组织正在青岛召开国际教育信息化大会。而我是从1985年开始就在南开大学化学系开展了信息教育尝试，比联合国教科文组织推广这项工作整整早了30年！”
作为化学教育家，申泮文不仅注重培养学生的专业兴趣和学习能力，还特别强调爱国主义教育。他认为，南开学校之所以培养了无数治国良才，是与南开精神密不可分的。他经常对学生说：“我经历过抗日战争，深刻感受到爱国主义氛围对人才培养的重要性。”
申泮文是一位没有出国留学、没有博士学位的中科院资深院士，但是他积极创造条件让青年师生出国深造，参加国内外各种形式的教学培训和交流研讨。他常对学生讲：“科学技术没有国界，可是科学家有祖国，科学家的社会责任是为祖国人民谋福利”。
