1994年相继成立了专门办理政策性信贷业务的国家开发银行、中国进出口银行及中国农业发展银行。1999年，财政部发行特别国债注资成立四大资产管理公司，收购了四大行的不良资产。专业银行逐渐摆脱了政策性贷款，逐渐转变成为现代商业银行。同时，自1986年起相继成立了以交通银行为首的政府持股的13家股份制全国性综合银行。现代的商业银行体系逐步建立了起来。然而，政府持股主要银行的特点决定了银行体系并不是充分的市场化运作。首先，2015年才完全取消的利率管制限制了银行间的市场竞争，虽然为银行保证了足够的利润空间，但扭曲了资源的配置，大型国有企业获得贷款更加容易，而小微企业获得贷款却很困难。其次，政府对于国有控股银行仍然具有很大的非市场化的决策影响力，比如次贷危机之后的四万亿刺激计划主要是通过银行贷款来支持的。第三，存款准备金率、存贷比要求、信贷规模控制等监管约束使得政府拥有更多的数量型工具来限制银行间的市场化运营，保证结构性的宏观调控目标的实现，但是通过利率进行宏观调控的价格型货币政策渠道仍然不是很通畅。
一般来说，价格型货币政策可以从总量上调节宏观经济，但可能无法直接产生结构性的影响，而数量型的货币政策，比如定向降准，则有更好的结构性功能。从某种意义上说，一些通过银行体系产生作用的数量型货币政策仍然保留了财政政策定向转移支付的职能，未能完全摆脱财政色彩。换句话说，目前我国货币政策和财政政策的职能定位并没有明确的界限，这直接体现在政府对于银行体系的影响和控制上。
股票市场。自1990年沪深证券交易所相继成立后，股票市场的发展变革主要是沿着两条主线来进行的，一是发行审核制度，二是股权定价。
发行审核制度决定了哪些企业能够从股票市场获得融资。1993年，证券市场建立了全国统一的股票发行审核制度，并先后经历了行政主导的审批制和市场化方向的核准制两个阶段。具体而言，审批制包括“额度管理”和“指标管理”两个阶段，而核准制包括“通道制”和“保荐制”两个阶段。审批制下国务院相关部门在宏观上制定一个当年股票发行总规模（额度或指标），然后将总额度分配到各省、自治区、直辖市、计划单列市和国家有关部委。省级政府和国家有关部委在各自的发行规模内推荐预选企业，证券监管机构对符合条件的预选企业的申报材料进行审批。2001年开始实施的“通道制”改变了由行政机制遴选和推荐发行人的做法，使主承销商在一定程度上承担起股票发行的风险，同时也获得了遴选和推荐股票发行人的权利。2004年开始推行的“保荐制”在“通道制”的基础之上增加了由保荐人承担发行上市过程中连带责任的内容。发行审核制度的改革过程是政府逐渐放权的过程，逐渐由市场来决定哪些企业能获得股权融资，而政府依然保留了最终的核准权力。可以看出，股票市场在发展初期也和银行体系一样，承担着帮助地方政府为国有企业输血的财政职能，但和财政职能明显不同的是资金的有偿性。然而，股权融资和银行贷款的重要差别是股权融资是不用还本付息的，红利支付也没有强制性。可以想象，在公司治理机制还不够完善的情况下，虽然国有企业获得了股权融资，却缺乏必要的机制保证业绩，中小股东的权益无法得到充分的保障，弱化了股权融资的“有偿性”。在“通道制”和“保荐制”下，承销商和保荐人的声誉机制起到了保护中小股东权益的作用，强化了股权融资的“有偿性”，从而削弱了资本市场的财政属性。
如果说政府通过出售国有企业股权来换取市场的资金，那么发行定价就决定了这场交易的价格。我国新股发行定价机制的变迁也经历了由行政管制到市场定价的过程。1994年以前，拟上市企业发行价格主要由证券监管机关决定，尔后曾试行竞价发行，但没有成功；从1995年开始，我国采用相对固定市盈率定价方式，发行价格由市盈率来确定，市盈率一般定在12~15倍，并以15倍为上限；1999年7月，证监会明确由发行人和承销商协商确定发行价格，逐步放开了对市盈率的行政管制；2001年下半年，为控制市场风险，监管部门对新股发行重新采用限制发行市盈率上限的方法，规定发行市盈率不超过30倍；2005年开始实行的询价制度下，发行人及其保荐机构在发行价格区间内向询价对象进行累计投标询价，监管部门仅在必要时进行行政指导。如果二级市场过于低迷，一级市场发行的股票是不会有人问津的，企业也无法获得融资。因此，政府通过国有金融机构、印花税、利率调整等手段对二级市场进行调控来配合一级市场的股票发行。在股票市场发展的初期，政府对于股权发行价格的控制既防止了国有资产的流失，但也影响了股票市场资金有偿转让的公平性。然而，对政府与市场交易国有企业股权的公平性的理解不能局限于微观层面。从计划经济转轨市场经济的过程中，当政府放权让利，把国有企业的收益全部都留给企业和居民，而税收机制尚未完善时，政府缺乏足够的资金来帮助国有企业走出转轨带来的困境，政府必须通过这种微观层面的“不公平”股权交易来实现宏观的平衡和经济体制的平稳过渡。
