法治政府建设中暴露的问题。与法治政府相关的指标中两次评估平均在65分以下的共8项，包括行政不作为、财政公开、机动车辆限行的依法决策、对污染疏于监管的问责、对环境污染和食品安全的依法治理、政府廉洁、政府征地赔偿。
依法行政整体评价不高，只有67.70分，虽然比2015年增加了3.9分，但仍然处在较差的水平。从总体上讲，依法行政问题仍然是人们评价最低的领域之一，而其中行政不作为连续两年都是依法行政各个指标中得分最低的，这说明行政不作为已经成为当前不依法行政的最突出问题。
财政公开指标虽然从2015年的59.5分（当年所有指标最低分）上升到2016年的62.68，但仍然是所有指标中得分最低者之一。行政公开整体评价也不高，只有67.73，但是财政公开是行政公开中最突出的环节，也是人们对财政透明度低的最直观的评价。
依法决策指标中机动车辆限行是问题指标，得分平均只有63分，依法决策整体评价也不高，只有68.64分，5项依法决策指标中评价较差的占了五分之二。提高依法决策的水平是建设法治政府的重中之重。
对环境污染和食品安全的依法治理的评价很低，只有64.1和64.4，这是两个与人们日常生活息息相关的领域，虽然属于社会治理领域，但它们与政府治理密切相关，直接影响人们对政府法治的评价。
与此相关的还有廉洁指标，政府领导的廉洁是问题指标，2016年与2015年评估相比虽然取得不小进展，政府廉洁评价从61.4分上升到68.35分，但是两年平均仍然在65分以下。
政府征地赔偿虽然属于人权指标中的财产权，但它与政府行为有着直接关系，两次平均分只有64.33，侵犯财产权，征地不给予足够的赔偿，是公众切身感受的侵害人民权益的事件。
司法适用中的薄弱环节。与司法相关的指标中问题指标共5项，包括司法适用指标中的民事执行效率、法治效果指标中的审判不公被问责、刑事司法中犯罪不起诉被问责、超期羁押被问责和人权指标中的平等权。
民事执行效率评估两年平均得分只有62.61，这表明民事执行难这一困绕司法的老大难问题没有得到根本解决。整个司法效率指标好评率都很低，两年的平均分都在六十几分的水平。就评价比率而言，民事执行效率的好评率不足10%，而差评率都超过60%，可见人们对民事执行效率的不满程度。执行率不高说明，即使法院判决公正，但判决仍不能得到及时执行！从民事执行率的统计来看，所有执行案件中民事执行案件占80%以上，民事执行案件占民事结案数量的比率多年来平均在三分之一左右，有的年份甚至超过40%，接近50%。近年来加大执行改革的力度，民事执行率有所下降，比如2015年法院一审、二审、再审民事案件结案总量10522874件，同年法院受理的民事执行案件3196141件，占全部结案的民事案件的25%。但是，这么大比率的民事案件判决，当事人自己不履行，需要执行程序，甚至需要法院强制执行，是人们对民事执行率，乃至整个司法公信力评价不高的一个很重要原因。
对审判不公被问责的评价两年都很低，2015年是各项司法指标中最低的，只有59.9（当年只有两项指标在60分以下，即审判不公被问责和财政公开），2016年虽然有所增长，但平均分仍然只有61.95。与刑事司法相关的问责指标还包括检察机关对犯罪不起诉的问责，公安机关超期羁押的问责，两年都在65分以下。
人权指标中的问题指标是平等权，连续两年都在65分以下。平等权在全部人权中具有至关重要的地位，是否能做到法律面前人人平等，无论地位高低、财产贫富，都同等对待，是人们评价人权、进而评价司法的基础。虽然对公正司法的评价超过70分，但是在法官行政审判是否中立，律师与法官是否违规交往的评价中仍然处于较差的水平，而这些恰恰与平等权有着密切联系。
党外、纪委监督和党员、党外监督的差距。党内法规相关的问题指标共3项，包括党内法规体系中的党员监督，法治效果体系中的对干部考察任命的问责和党组织领导廉洁。
