推进要素市场化配置，并不意味着完全放弃政府对要素配置的监管。无论从生产要素的特性，还是从要素市场发育完善程度看，政府对要素市场的监管都是必要的，需要提升的是政府监管的效能。《中共中央国务院关于构建更加完善的要素市场化配置体制机制的意见》特别强调，更好发挥政府作用，健全要素市场运行机制，完善政府调节与监管，做到放活与管好有机结合，提升监管和服务能力，引导各类要素协同向先进生产力集聚。
从生产要素自身的属性看，大多数生产要素不像一般劳动产品那样会自发形成有效的市场竞争机制，实现资源优化配置。生产要素市场大都不是竞争性市场。有的要素具有程度不同的垄断性，如土地、技术和数据；有的要素具有显著的外部性，如资本、技术等；有的要素具有非排他性等公共产品的属性，如技术研发等；有的要素则牵涉到社会伦理道德和文明进步，如劳动力。仅仅靠市场自发作用并不能保证要素的自由流动和市场主体的公平竞争，不能保证实现要素配置的最优化，不能保证个人、企业和社会利益的一致性。
从我国要素市场发展的现状看，局部利益或部门利益分割仍在一定程度上阻碍着土地、劳动力等传统要素统一、开放市场的形成，靠要素市场的自身发育在短期内无法解决这一问题；我国资本市场的制度还不健全，服务实体经济的功能还没有充分发挥；技术产品的知识产权交易和保护制度还不够完善，对技术创新的激励还有待加强；数据等新型要素市场初步形成，相关“游戏规则”还没有完全建立。我国要素市场的这种现状决定了更好地发挥政府的作用，提高市场监管效能。
构建要素市场化配置的公平竞争环境。实施公平竞争审查制度，加强反垄断和反不正当竞争执法，规范交易行为。对地方政府出台的市场准入、招商引资、招标投标等政策措施应进行公平竞争审查，既要防止排除或限制竞争的政策，也要避免各种引发恶意竞争的政策措施，建设全国统一、公开、公平的要素市场。需要指出的是，公平竞争审查制度与区域经济政策并不冲突。它打击的是地方保护、行业壁垒、违法给予优惠政策等不符合公平竞争要求的现象，约束地方政府权力的不当行使，维护公平竞争的市场秩序。加强反垄断和反不正当竞争执法，打击各种妨害要素自由流动和公平竞争的市场行为，依法取缔地方政府限制要素自由流出或流入等有悖公平竞争原则的地方保护主义政策；依法处置企业凭借垄断性市场地位故意设置进入壁垒、恶意限制、排挤和打击竞争对手的行为，建立和维护公开透明、公平合理、公正有序的市场竞争环境，推动要素自由流动。
加大对违法违规行为的惩戒力度。严格市场秩序管理，依法打击侵犯商标专利知识产权和制售假冒伪劣生产要素的违法犯罪行为。技术产品和信息产品具有前期开发成本高，风险大，但生产、复制成本低的特点，盗版复制产品的利润空间巨大，因而对非法复制等侵权行为的激励很强。如果不能严格保护技术产品的知识产权，会大大降低技术创新或新产品开发的盈利预期，严重挫伤企业创新的积极性。因此，严厉打击制售盗版假冒伪劣要素产品，保护创新企业的知识产权和相关的合法权益，维护公平市场秩序，是要素市场监管的一项重大工作。监管部门应创新监管方式，加大监管力度，严格监管执法，维护公平市场竞争秩序，为企业创新提供可靠的制度保护和有利的市场环境。
