要实现这种系统性、大规模的创新，关键在于破除存在阻碍创新的系统机制，需要在克服系统瓶颈中构建能够激发创新的系统。创新常常表现为个体的创造而带有随机性，但是从更宏阔的背景看，一个社会在某个时代的整体性创新不只是少数天才的灵光闪现，更是整个社会系统运行的结果。一个国家的现代化本身是社会系统重建的过程，其方向则是不断优化系统机构，形成能够激发创新的复杂有有效的机制，最终带来整个社会物质和精神财富的涌现。这个过程，即是创新涌现的过程。
基于对这一规律的认识，中国确立了建设创新型国家、构建国家创新体系的战略目标。不过在实际运行中，创新常常局限于“科技创新”，建设创新型国家往往被视为“科技部”的任务，这是需要改变的认识误区。现代社会的创新依托于整个国家和社会的系统，绝非是科学技术所能承担的事情。实现社会主义现代化是一个社会系统的整体变迁，探索社会主义新型文明更是前所未有的新事业，必然需要系统性的创新，而实现系统性的创新则需要有利于创新的系统机制。社会本身是一个复杂巨系统，其中各种因素相互依赖相互制约，在一定条件下会形成激励或者抑制创新的系统机制。培育创造性思维和创新人才是创新的基础，但教育受制于政治、社会和文化的影响而鲜少具有独立性和自主性；政治融入到社会生活的各个方面，权力缺少约束不仅带来腐败还会钳制思想，导致变革与创新的动力不足；文化受制于政治、经济与教育的影响而难以展现其主体性。为现实利益驱动和现实规则的约束，各种行动主体在思想和行动上都不敢越雷池一步，导致系统整体的创新能力不足。这种系统机制抑制了创新的热情与动力，形成了阻碍创新的价值观和行动机制。克服创新瓶颈、实现系统创新的大规模涌现，就必须破除上述阻碍创新的系统机制，构建能够激发创新的国家创新系统。构建国家创新系统旨在培育以创新为导向、能够激发创新的结构，以制度创新、体制机制创新、文化创新构建有利于创新的系统机制，进而产生大规模创新的效能。其中，中国由于有着大一统的漫长传统，国家在整个经济社会生活中发挥着主导作用，因此国家制度和运行机制的完善具有根本意义。
构建创新系统的现实路径
当代中国创新需求高但创新能力不高，这是整个社会系统创新机制不成熟的表现，又是各个要素之间彼此不协调、相互掣肘的结果，整个社会创新能力受制于各个不同的短板。面对庞大的阻滞创新的机制，建构创新系统需要从社会变革的系统整体入手，破解难题、弥补短板、理顺机制、建立激发创新的合理制度安排，培育致力于追求创新的企业家精神。构建国家创新系统以实现大规模创新的涌现是实现现代化的根本要求，但这并非自然而然就能实现的。从现实看，社会结构具有强大的稳定性和惯性，既成的利益格局、制度的惯性、传统观念的束缚等都阻碍了创新系统的形成。而在强大的结构面前，个人常常是无能为力的。如何克服阻力、突破瓶颈是历史提出的重大命题。克服创新瓶颈，构建创新系统可以从两个方面进行突破。
一方面，改革各种阻碍创新的体制机制，以制度创新作为突破口，鼓励各行各业的创新试验，在实践探索的基础上构建国家创新系统。创新是在试错中不断探索、排除错误和发现真知解决问题的过程，允许自由探讨、鼓励试验探索、允许犯错失败是创新的客观规律，只有遵循这种规律才能达成目标。鼓励各种行动主体的创新探索，需要完善社会主义法治，以法治为创新提供保障和动力。2035年基本实现现代化的关键难点是实现国家治理体系和治理能力现代化，建设法治国家、法治政府、法治社会，这也是构建创新系统需要抓住的“牛鼻子”。在法治国家的大格局下，推动整个社会的体制机制创新，形成全社会激励、保护、追求创新的社会机制和文化价值观。在总结各方实践探索经验的基础上，在国家系统层面进行顶层设计，构建国家和社会整体层面的创新系统。
