在科技创新体系中，企业天然具有联结科技与产业的动力，拥有对创新要素优化配置的主导地位，可以有效解决科技成果“科学研究、实验开发、推广应用”的“三级跳”。党的二十大报告指出，“加强企业主导的产学研深度融合，强化目标导向，提高科技成果转化和产业化水平。强化企业科技创新主体地位，发挥科技型骨干企业引领支撑作用”。这表明企业在国家创新体系里面的地位进一步提高，要在全链条创新中发挥更大作用。二十届中央财经委员会第一次会议再次强调，“要加强关键核心技术攻关和战略性资源支撑，从制度上落实企业科技创新主体地位。”从制度上落实企业科技创新主体地位，需要从制度上落实企业成为科技创新决策的主体、研发投入的主体、创新活动的主体、成果应用的主体。
强化企业在科技创新决策方面的主体地位，持续支持企业在更大范围、更深程度参与国家科技创新决策，引导企业围绕国家重大战略开展研发。传统观念上，企业是生产经营主体，高校科研院所才是科技创新主体。从制度上强化企业科技创新主体地位，需要制度明确企业在科技创新体系中的决策主体地位，扭转多年来企业科研人员在国家重大攻关项目和重大科技决策专家组中所占比重偏低、话语权和研发主导权偏弱的局面。健全科技创新政策的企业咨询制度，提升企业在科技创新政策制定过程中的参与度和话语权。从制度上进一步明确政府科技创新政策的制定，企业参与是必要环节；国家重大科技项目立项，企业参与也是重大专项咨询的必要环节。建立企业常态化参与科技创新政策、重大专项决策机制。支持企业参与科技重大顶层设计、重大决策，进一步发挥企业作为科技创新出题人、答题人和阅卷人的作用。也就是说，围绕政府科技创新政策、科技重大专项等事项定期举办政府与企业间的交流研讨，提高企业的参与度。
激励企业成为科技创新的研发投入主体。科技创新主体意味着企业要加大基础研究和新技术研发，而科技创新的高成本与高风险的特性使得企业偏向“短平快”，基础研究较少，不同类型企业间不够平衡。制度是最强的激励手段，应用好制度激励。一方面，财政金融制度激励企业研发投入。对研发投入强度高且创新产出突出的企业、企业主导建立的新型研发机构或创新合作平台，进一步落实企业研发费用税前加计扣除政策，强化企业研发投入激励。另一方面，国有企业作为科技创新的骨干力量，要进一步落实和完善国有企业研发投入的考核措施，加强对不同行业研发投入的分类考核。同时，推进激励规则的细化。针对新情况新变化不断完善规则制度，细化规范体系、及时回应现实问题。例如企业科技创新的财政补贴要分环节、分阶段，力度不同，重点突出初创环节。为解决科技型中小微企业的融资难问题，要给予企业首台（套）重大技术装备、新材料首批次的保险补偿和金融激励。
支持企业成为科技创新的科研组织主体。创新的目的不是发论文，培育新的经济增长点才能彰显科技的真功夫。让创新更紧密地面向经济社会发展，把创新实实在在地转化为新产品、新项目、新产业，把科技成果转化为经济效益、社会效益，是创新的要义所在。敏锐把握市场需求、让科技创新更有效率，需要制度支持企业的科研组织主体地位。从制度层面支持建立以企业为主导的科技创新项目制度，以制度形式支持建立以企业为主导的项目研究制度，推动科技创新更好面向市场，更加匹配经济活动需求。在机制层面构建以企业为主导的高校科研院所协同科研组织机制。落实关键在实践机制。企业科研组织主体地位落实的机制就是项目机制。通过企业以科技创新项目为牵引，创新企业与高校院所产学研合作模式，如联合开展关键共性技术攻关，共同组建创新平台及新型研发机构、产业技术创新战略联盟等方式，与高校科研院所进行全方位、多层次产学研合作攻关，从而确立企业科研组织主体地位。
保障企业成为科技创新的成果转化主体。科技成果转化是科技创新变为现实生产力的“最后一公里”。企业能否成为科技创新的成果转化主体，关键要发挥制度保障作用，让企业有意愿、有动力、有能力。首先，完善科技成果转化法律制度，让企业有意愿。法律是最好的保障。制度上落实企业科技创新成果转化主体地位，需尽快出台相关企业科技创新成果转化法、条例等法律法规，破解企业科技成果使用、处置和收益权等政策障碍；同时制定细则，如地方政府制定实施促进科技成果转化法若干规定或者行动方案，推动企业成为科技创新的成果转化主体。其次，设立企业科技创新成果转化基金，让企业有动力。借鉴国际经验，成果转化能否成功，融资是关键制约因素。设立成果转化基金等，拓宽融资渠道，降低企业成果转化的融资成本。政府可以设立各种类型的基金，如科技成果转化引导基金、知识产权质押融资风险补偿基金、科技成果转化贷款风险补偿资金等，有效拓展企业科技成果转化的融资渠道，进而降低其成本。最后，畅通科研人才流通机制，让企业有能力。人才是科技创新的关键要素。发挥高校科研院所的科研人才资源优势，构建科研人才资源流通机制。如建立高校科研院所优秀科研人才外派借调至企业制定，提升企业科技创新成果转化能力。落实高校科研院所硕士博士博士后的企业需求招生导向设置，为企业科技创新能力培养提供良好平台保障，进而提高科技创新成果转化能力。
