在2024年全国科技大会、国家科学技术奖励大会、两院院士大会上，习近平总书记将“全面深化科技体制机制改革”作为科技强国建设的五项重点任务之一作出部署。党的二十届三中全会对深化科技体制改革提出明确要求。科研院所是我国科技创新体系的重要组成部分，全面深化科技体制改革，必须把深化科研院所改革作为着力点和突破口，推动构建具有中国特色的现代科研院所治理体系。
一、科研院所改革的历史进程和经验
新中国成立以来，科研院所通过持续发展和深化改革，不断调整科技生产关系以适应科技生产力发展需求，探索积累了许多宝贵经验，为国家科技事业发展作出了重要贡献。我国科研院所的发展和改革大致可以分为三个阶段。
第一阶段是从新中国成立到改革开放前，建立并实行计划主导的科研组织和管理模式。这一时期，根据国家建设和发展需要，一批科研院所组建起来，研究方向由国家统一计划和安排，科研任务由国家统一制定和下达，科技资源由国家统一保障和调配。这一模式在我国科技体系建立和早期快速发展过程中发挥了重要作用，推动产出了“两弹一星”、人工合成牛胰岛素、青蒿素等重大创新成果。但这种科研组织和管理模式后来逐渐显现出体制机制僵化、科研布局固化、科研人员积极性调动不够等问题。
第二阶段是从改革开放到党的十八大以前，重点通过竞争和放权激发微观主体创新活力。我国科研院所学习借鉴西方国家经验，普遍建立起以课题组长负责制为主的科研组织模式，并通过科技资源配置、人才计划、绩效工资制度、量化科技评价等改革引入竞争机制。这一阶段科研院所的改革，激发了创新主体的动力和活力，解决了人才队伍断层问题，推动我国科技论文和专利数量实现爆发式增长，迅速跻身国际前列。在实践中，也逐渐衍生出一些问题，比如，以课题组为基本单元的科研组织模式和核算体系导致科研院所组织化能力弱、科技布局分散、科研工作碎片化；过度竞争带来经费、“牌子”、“帽子”焦虑等问题；部分科研人员跟风逐热、各自为战，难以潜心致研、协同攻关，不利于原始创新和组织实施重大科技任务。
第三阶段是党的十八大以来，科研院所改革进入全面深化新阶段。以习近平同志为核心的党中央加强对科技工作的集中统一领导，对深化科技体制改革作出一系列重大决策部署，推动我国科技事业取得历史性成就、发生历史性变革。科研院所围绕国家重大需求，勇担使命，着力解决科技投入分散、重复、低效等问题，逐步扭转科研工作组织化协同化程度不高的状况。同时改革科技评价制度，持续“破四唯”、“立新标”，大力弘扬科学家精神。通过一系列改革，科研院所整体科研实力大幅提升，在部分领域实现由“跟跑”向“并跑”、“领跑”转变，有力支撑我国成功进入创新型国家行列。
2025年3月21日，国家重大科技基础设施——空间环境地基综合监测网（子午工程二期）正式通过国家验收。这是我国建成的国际首个覆盖日地空间全圈层的综合性空间环境地基监测设施，标志着我国空间环境地基监测能力跃居世界领先地位。图为位于四川稻城的子午工程二期大型监测设备之圆环阵太阳射电成像望远镜（2024年9月19日摄，无人机照片）。 新华社记者 江宏景/摄
回顾我国科研院所发展和改革历程，坚实足迹里印刻着始终如一的坚持。一是坚持和加强党的领导，保证改革的正确方向；二是坚持恪守科研院所使命定位，聚焦主责主业，服务国家需求；三是发挥好新型举国体制优势，强化科研组织的体系化建制化，集聚各方面优势力量协同攻坚；四是坚持以人为本，尊重科学规律，注重加强创新文化建设，调动和激发科研人员积极性主动性创造性。“历史的接力棒已经交到了我们这一代人手中”，我们要再接再厉、与时俱进，以更大决心和勇气、更强力度和韧性深化科研院所改革。
二、科研院所进一步深化改革的新形势新要求
当前，新一轮科技革命和产业变革深入发展，围绕抢占科技制高点的国际竞争日趋激烈，高技术领域成为最前沿和主战场。我国经济发展从高速增长阶段转向高质量发展阶段，迫切要求以科技创新引领新质生产力发展、加快建设现代化产业体系。科研院所要强化使命责任意识，主动担当作为，深入分析新形势新挑战，准确把握新任务新要求，加快推进各方面体制机制改革。
建设科技强国的战略目标，要求科研院所加快构建促进原创性引领性科技创新的体制机制。习近平总书记指出，我们要建成的科技强国，应当具有居于世界前列的科技实力和创新能力。对照这一要求，必须从根本上扭转科研院所长期形成的亦步亦趋的路径依赖，着力提升基础研究和原始创新能力、关键核心技术攻关能力。尤其是面对日益严峻的外部竞争挑战，科研院所必须立足于高水平科技自立自强，通过深化选题机制、科研组织模式等方面改革，使优势科研力量进一步聚焦国家重大需求和科技前沿，强化科技布局，解决基础研究“脱实向虚”、应用研究“舍近求远”、技术攻关“趋易避难”等问题。同时，随着科学研究向极宏观拓展、向极微观深入、向极端条件迈进、向极综合交叉发力，特别是人工智能、大科学、大数据等引发科研范式的重大而深刻变革，要求科研院所强化前瞻科技布局，组织和鼓励科研人员勇闯“无人区”，努力提出新理论新方法、开辟新领域新方向，攻克更多面向未来的前沿引领技术和能够引发重大变革的颠覆性技术。
加快发展新质生产力，要求科研院所形成科技创新和产业创新深度融合的体制机制。习近平总书记强调，要“扎实推动科技创新和产业创新深度融合，助力发展新质生产力”。从源头看，由于部分科研院所科研布局长期固化，选题机制缺乏需求导向和市场导向，导致有效科技供给不足，许多成果长期“束之高阁”。从合作机制看，一些科研院所面向市场需求的主动性不足，部分产业主体承接技术转化、整合各类创新资源的机制不健全，创新链上下游相关主体的合作“接口”没有对齐，不利于开展跨部门、跨主体的协同创新合作。从成果转化通道看，由于缺乏完善的技术转移体系、中试验证平台和科技金融支持，人才流、资金流、信息流等仍然存在不少堵点卡点，导致科技成果难以有效转化应用。因此，科研院所需要从科技供给、协同创新和成果转化等方面进一步深化体制机制改革，推动创新链和产业链无缝对接，让科技成果加快转化为现实生产力。
截至2024年底，我国载人潜水器累计下潜次数超1400次，仅2024年“深海勇士”号就下潜超130次。这标志着我国载人深潜运维水平已跻身国际前列。图为2024年5月20日，深海科考团队回收“深海勇士”号载人潜水器。 中国科学院深海科学与工程研究所供图
培育良好创新文化和创新生态，要求科研院所加快深化科技评价和激励机制改革。习近平总书记强调，要“拥有强大的科技治理体系和治理能力，形成世界一流的创新生态和科研环境”。近年来，随着科技体制改革不断深化，科研院所创新文化建设持续加强，科研环境日益改善，但创新生态建设依然任重道远。从科技评价制度看，“破四唯”不彻底和“立新标”不及时同时存在，一些科研院所还在为争“牌子”耗费大量时间精力，不少科研人员依然为报项目、发论文、评奖励、争“帽子”而分心伤神。从收入分配制度看，科研院所工资结构不尽合理，科研人员绩效工资与项目经费挂钩过紧，导致部分科研人员盲目争取项目，不利于聚焦重大任务潜心攻关。从创新文化看，需要进一步营造鼓励探索、宽容失败的良好环境，更好促进科技创新和人才成长。科研院所要通过进一步深化改革，充分发挥科技评价的导向作用，强化精神引领激励，加强作风学风建设，弘扬爱国奉献、勇攀高峰的创新文化，营造唯实求真、风清气正的创新生态。
三、积极发挥国家科研机构的骨干引领作用
国家科研机构是国家战略科技力量的重要组成部分，是科研院所中的“国家队”，理应在深化科技体制改革中发挥骨干引领作用。深化科研院所改革是一项系统工程，涉及的问题很多。其中科研组织、科技评价、收入分配三个深层次问题，是当前制约国家科研机构整体创新效能的瓶颈，也是科研院所乃至整个科技界面临的突出共性问题。要把解决突出问题作为进一步深化改革的切入点，精准施策、发力破局。
中国科学院微小卫星创新研究院成功打造了卫星批量化生产新模式。按照这一模式，可以像生产汽车一样生产卫星。图为2024年4月18日，在微小卫星创新研究院的微波暗室，科研人员进行批量化生产的卫星单机测试。 新华社记者 张建松/摄
深化科研组织模式改革，加快建立有效发挥体系化建制化优势的协同攻坚机制。科研组织问题关系到国家科研机构的使命定位，决定了体系化建制化优势能否有效发挥。在科研项目组织方面，要以国家重大科技任务为牵引，组织开展跨领域、跨学科“大兵团”作战，推动形成以建制化大团队为主体的重大科技任务协同攻坚模式。在科研团队管理方面，要改革以课题组为基本核算单元的管理体系，推动重点实验室等重大创新平台真正成为实体科研单元，加强科研布局、项目管理、人员管理、经费使用等方面的统筹安排和统一管理，推动构建“分可独立作战、聚可合力攻关”的科研组织模式。在外部协同合作方面，要建立健全国家科研机构与行业部门、科技领军企业联合选题和协同攻关机制，通过“手拉手”开发、“订单式”研发等合作方式，让企业提前介入研发过程，减少二次开发时间，促进科技成果加快转化为新质生产力。
深化科技评价制度改革，切实发挥好科技评价的导向作用。科技评价问题关系到科研工作的导向，是各类创新主体和创新活动的风向标、指挥棒。在科研机构评价上，要坚持充分体现国家意志、有效满足国家需求、代表国家最高水平的评价标准，健全符合国家科研机构使命定位和组织特点的评价体系，更加重视科研工作质量、原创成果产出和实际创新贡献。在科研人员评价上，要深化人才分类评价制度改革，根据不同性质科研活动的特点，把承担完成国家重大任务、产出重大成果等作为重要指标，坚决革除简单数论文、数“帽子”、算经费的人才评价模式。通过深化科技评价制度改革，在国家科研机构形成以爱国奉献、协同攻关为荣，以跟风逐热、追名逐利为耻的浓厚氛围，把干“国家事”、担“国家责”的使命导向更加牢固、更加鲜明地确立起来，使潜心致研、团结协作、勇攀高峰的价值理念在科研人员心中深深地扎下根来。
深化收入分配制度改革，强化对全身心投入重大科技任务攻关人才的激励保障。收入分配问题关系到科研人员的切身利益，是调节利益机制、引导激励科研人员的重要杠杆。要以履行国家战略科技力量职责使命、承担国家重大任务和产出重大成果情况为主要依据，合理确定国家科研机构薪酬水平。优化科研人员工资结构，合理提高稳定保障比例，使科研人员的薪酬待遇主要体现岗位要求、工作业绩和实际贡献，改变与项目经费挂钩过紧的现状。建立与承担重大任务和贡献度相匹配的绩效分配及动态调整机制，优先保障承担重大任务和作出重要贡献科研人员的薪酬待遇，引导激励科研人员全力以赴承担国家重大科技任务。
在进一步深化科研院所改革中，必须坚持和加强党建引领，大力弘扬科学家精神。深入推进科研院所党的领导体制改革，创新党建工作形式，推进党建工作与科技创新相融互促。传承和弘扬科学家精神，引导激励广大科研人员传承创新科技、报国为民的优良传统，把个人的学术追求融入到科技强国建设实践中。
近年来，中国科学院深入贯彻落实习近平总书记提出的“四个率先”和“两加快一努力”目标要求，不断强化作为科技创新“国家队”、“国家人”必须心系“国家事”、肩扛“国家责”的使命担当，持续深化体制机制改革，通过开展研究所领导体制改革试点，大力推动聚焦主责主业，强化使命驱动的建制化基础研究，推进重点实验室体系重组，深化院士制度改革，推进科技评价和经济资源配置改革，规范科研项目申报和科研人员兼职等，聚焦布局、重塑队伍、提升效能，有力促进和保障了科技创新事业发展。新征程上，中国科学院将紧紧围绕抢占科技制高点核心任务，进一步深化科研院所改革，为科技创新提供强大动力，为中国特色现代科研院所治理体系建设探索经验，为加快实现高水平科技自立自强、建设科技强国作出新的更大贡献。